从 dendextend 包中color_branches检索重叠的子树状图

color_branches from dendextend package retrieving overlapping subdendrograms

提问人:Romina Appierdo 提问时间:11/4/2023 最后编辑:ProgmanRomina Appierdo 更新时间:11/4/2023 访问量:12

问:

我正在尝试使用 dendextend 包中的 color_branches 函数为使用 complexheatmap 创建的热图的树状图分支着色。

我遇到了一个奇怪的行为,正如你在图片中看到的那样:

热图 example.

正如你所看到的,有些叶子是混合颜色的。此热图由以下代码生成

column_dend = hclust(dist(t(data)))
row_dend = hclust(dist((data)))
row_dend = color_branches(row_dend, k = 2)

ht<-Heatmap(as.matrix(data),
            name = "legend",
            cluster_rows = row_dend,
            cluster_columns = column_dend,
            na_col = 'black',
            column_names_rot = 45,
            col = circlize::colorRamp2(c(-1, 0, 1), c("#56B4E9", "#FFFFFF", "#FF7400")),
            show_row_names = F,
            show_column_names = F,
            use_raster = F,
            heatmap_width = unit(1.5, "cm")*ncol(data),
            column_names_gp = grid::gpar(fontsize = 13),
            row_names_gp = grid::gpar(fontsize = 1))

ht = draw(ht)

猜猜这是怎么回事吗?多谢

R 分层聚类树 状图 Dendextend

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