“The following object is masked from 'package：xxx'” 是什么意思？-解网

问：

当我加载一个包时，我收到一条消息，指出：

"The following object is masked from 'package:xxx'

例如，如果我加载 testthat then assertive，我会得到以下内容：

library(testthat)
library(assertive)  
## Attaching package: ‘assertive’
## 
## The following objects are masked from ‘package:testthat’:
## 
##     has_names, is_false, is_less_than, is_null, is_true

此消息是什么意思，我该如何防止它？

包包括 R-FAQ

当两个函数具有相同的名称时，调用哪一个函数？

R 将浏览搜索路径以查找函数，并将使用它找到的第一个函数。

search()
 ##  [1] ".GlobalEnv"        "package:assertive" "package:testthat" 
 ##  [4] "tools:rstudio"     "package:stats"     "package:graphics" 
 ##  [7] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
 ## [10] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"

在本例中，由于是在之后加载的，因此它出现在搜索路径的前面，因此将使用该包中的函数。assertivetestthat

is_true
## function (x, .xname = get_name_in_parent(x)) 
## {
##     x <- coerce_to(x, "logical", .xname)
##     call_and_name(function(x) {
##         ok <- x & !is.na(x)
##         set_cause(ok, ifelse(is.na(x), "missing", "false"))
##     }, x)
## }
<bytecode: 0x0000000004fc9f10>
<environment: namespace:assertive.base>

中的功能无法以通常的方式访问;也就是说，它们已被掩盖。testthat

如果我想使用其中一个屏蔽函数怎么办？

调用函数时，可以使用双冒号运算符 ：： 显式提供包名称。例如：

testthat::is_true
## function () 
## {
##     function(x) expect_true(x)
## }
## <environment: namespace:testthat>

如何禁止显示该消息？

如果您知道函数名称冲突，并且不想再次看到它，则可以通过传递到库来禁止显示该消息。warn.conflicts = FALSE

library(testthat)
library(assertive, warn.conflicts = FALSE)
# No output this time

或者，使用 suppressPackageStartupMessages 禁止显示消息：

library(testthat)
suppressPackageStartupMessages(library(assertive))
# Also no output

R 的启动过程对函数掩码的影响

如果更改了某些 R 的启动配置选项（请参阅），则可能会遇到与预期不同的函数屏蔽行为。事情发生的确切顺序应该可以解开大多数谜团。?Startup?Startup

例如，那里的文档说：

请注意，当站点和用户配置文件仅来源于基础包已加载，因此其他包中的对象需要例如由 utils：:d ump.frames 引用或在显式加载有关包裹。

这意味着，当您在 R 的启动过程完成后加载第三方包时，您可能会看到这些包中的函数被默认包（如 stats）中的函数屏蔽，而不是相反。.Rprofile

如何列出所有屏蔽功能？

首先，获取搜索路径上所有环境的字符向量。为方便起见，我们将使用自己的值命名此向量的每个元素。

library(dplyr)
envs <- search() %>% setNames(., .)

对于每个环境，获取导出的函数（和其他变量）。

fns <- lapply(envs, ls)

将其转换为数据框，以便于与 dplyr 一起使用。

fns_by_env <- data_frame(
  env = rep.int(names(fns), lengths(fns)),
  fn  = unlist(fns)
)

查找对象多次出现的情况。

fns_by_env %>% 
  group_by(fn) %>% 
  tally() %>% 
  filter(n > 1) %>% 
  inner_join(fns_by_env)

要测试这一点，请尝试加载一些具有已知冲突的软件包（例如，Hmisc、AnnotationDbi）。

如何防止名称冲突错误？

每当您尝试使用名称不明确的变量时，包都会引发错误并显示有用的错误消息。conflicted

library(conflicted)
library(Hmisc)
units
## Error: units found in 2 packages. You must indicate which one you want with ::
##  * Hmisc::units
##  * base::units

“The following object is masked from 'package：xxx'” 是什么意思？

What does "The following object is masked from 'package:xxx'" mean?

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