如何获取TCGA中TP53(特别是密码子72)多态性的数据

How to get data on polymorphisms of TP53 (specifically on codon 72) in TCGA

提问人:D Schönegger 提问时间:10/11/2023 更新时间:10/11/2023 访问量:8

问:

我想知道是否有可能获得 TP53 密码子 72 对 TCGA 中不同癌症的多态性数据。

使用TCGAbiolinks,我可以检索“简单核苷酸变异”数据,例如使用:

data.category = "Simple Nucleotide Variation",
data.type = "Masked Somatic Mutation",
access = "open")
GDCdownload(query)
maf <- GDCprepare(query)

.....但是我在 maf 输出文件中看到的错义突变不包含密码子 72 多态性(在大多数 TCGA 癌症数据集中)。同样在 cbioportal 中,我看不到不同癌症队列中 TP53 中密码子 72 的任何突变。也许我误解了它,但我想不同的TCGA数据集还没有针对非致病性多态性进行分析或注释?

非常感谢所有的建议和想法。

谢谢

数据库 多态性 生物信息学 突变

评论


答: 暂无答案