更改热图的距离和链接-解网

问：

我正在尝试更改热图与标准的距离和链接欧几里得距离和完全链接到我家庭作业中问题的任何其他设置。

我们正在使用这个数据集：

library("flexclust")
data(milk)
help(milk)

这是我当前的代码：

hm3<-heatmap(milk_matrix, scale="column", main="Heat map of the Composition of Mammals' Milk", xlab= "Nutrient", ylab = "Animal", cexRow = 0.6, cexCol = 1.1, col=heat.colors(10))
legend(x= "bottomright", legend=c("min", "med", "max"),  cex = 0.6, fill=heat.colors(3))

热图的 R 帮助说您可以通过以下方式更改距离/链接：

distfun= 和 hclustfun=

但是我没有运气输入诸如 hclustfun= “single” 之类的东西。

任何帮助将不胜感激！我可以指定任何距离或链接，只要它不是欧几里得距离和完全链接。

亲切问候罗茜:)

热图变化距离和联动

R 热图欧几里得距离联动

# dist method must be one of "euclidean", "maximum", "manhattan", "canberra", "binary" or "minkowski"

heatmap(as.matrix(milk), 
        scale="column", 
        main="Heat map of the Composition of Mammals' Milk", 
        xlab= "Nutrient", 
        ylab = "Animal", 
        cexRow = 0.6, 
        cexCol = 1.1, 
        col=heat.colors(10),
        distfun = function(x) dist(x, method = "maximum"))
legend(x= "bottomright", legend=c("min", "med", "max"),  cex = 0.6, fill=heat.colors(3))

谢谢，我使用了以下代码： ''' h3<- heatmap（milk_matrix， scale=“column”， main=“哺乳动物乳汁成分的热图”， xlab= “营养”， ylab = “动物”， cexRow = 0.6， cexCol = 1.1， col=heat.colors（10）， distfun = function（x） dist（x， method = “minkowski”）） legend（x= “bottomright”， legend=c（“min”， “med”， “max”）， cex = 0.6， fill=heat.colors（3）） ''' 它起作用了。但是我的图形与我用欧几里得距离创建的图形相同 - 这是意料之中的还是我做错了什么？？

0赞 Meisam 5/22/2023

根据数据的不同，总体而言，两种聚类方法的结果可能相同。如果您不确定您的代码是否有效，请检查不同的方法，看看它们是否都产生相同的结果

上一个：通过函数指针使用其他 C 文件中的函数

下一个：不同 C++ 命名空间中两个函数的 C 链接声明冲突

更改热图的距离和链接

Changing Distance and Linkage of a heat map

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