创建MySQL表并加载数据

creating mysql table and loading data

提问人:Carla Flores 提问时间:5/9/2020 最后编辑:MaciejgCarla Flores 更新时间:5/19/2020 访问量:46

问:

我面临一个问题。

我有这个数据。数据存储gene_ontology.txt从以下位置提取的数据:http://gala.bx.psu.edu/downloads/hg15/genes/ 在此数据中,在第二列中,有多个字符串“-”、“,”以及字符串和数字之间的空格。

举例说明数据:

GO:0000001,mitochondrion inheritance
GO:0000002,mitochondrial genome maintenance
GO:0000003,reproduction
GO:0000005,ribosomal-chaperone activity
GO:0000006,high affinity zinc uptake transmembrane transporter......

我想将该数据插入到我创建的表中,如下所示:

mysql> create table annotation
    -> (GOid VARCHAR(255) NOT NULL,
    -> FUNCTION TEXT NOT NULL,
   -> PRIMARY KEY goid (goid));

当我加载时:

LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene_ontology.txt' INTO TABLE annotation FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '\n';

Query OK, 26077 rows affected, 1639 warnings (0.89 sec)
Records: 26083  Deleted: 0  Skipped: 6  Warnings: 1639  (<- LOADING GAVE ME WARNING AND SKIPPED RESULTS)

结果:

mysql> SELECT GOid FROM annotation LIMIT 6;

显示良好的结果

+-------------+
| GOid        |
+-------------+
|  GO:0000001 |
|  GO:0000002 |
|  GO:0000003 |
|  GO:0000005 |
|  GO:0000006 |
+-------------+

enter image description here

但是,问题是当我选择两列时:

mysql> SELECT GOid, FUNCTION FROM annotation LIMIT 10;

+-------------+----------------------------------------------------------------+
| GOid        | FUNCTION                                                        |
+-------------+----------------------------------------------------------------+
                                     |nce
                              |enome maintenance
                                                  |
                                  | activity
  |GO:0000006 | high affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
      |000007 | low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
                                               |
|  GO:0000009 | alpha-1                                                        |
                     |hexaprenyltranstransferase activity
                                       |
+-------------+----------------------------------------------------------------+

或仅第二个:

 +----------------------------------------------------------------+
 | FUNCION                                                        |
 +----------------------------------------------------------------+
                                      |
                               |nce
                                                  |
                                  |
 |igh affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
 |ffinity zinc ion transmembrane transporter activity
                                                   |
 | alpha-1                                                        |
                     |stransferase activity
                                           |
 +----------------------------------------------------------------+

enter image description here

我不知道发生了什么。 为了解决这个问题,我尝试使用 LONGTEXT 和 BLOB 更改“FUNCTION”的类型。 我做了这些更改,因为我认为问题出在第二列(FUNCTION)的类型上。 但我没有成功。

MySQL Unix 警告生物 信息学

评论

0赞 Digvijay S 5/9/2020
你能输出吗?通过编辑添加您的帖子head gene_ontology.txt
0赞 Strawberry 5/9/2020
功能,功能?哪?
0赞 Strawberry 5/9/2020
请注意,FUNCTION 在 8.0.1 中被保留

答:

2赞 NBAWA 5/9/2020 #1

问题似乎出在第二列文本之间的逗号“”上。

尝试将完整文件以固定宽度加载到 .然后用于将第一个字段放在第二个表 column1 中,而将第二个字段放入 column2 中。TableAsubstr()TableB's

这可能会加载数据,您可以进一步分析数据以改进加载过程。