无效的类“Graph”对象：未定义超类“mMatrix”（Seurat/R）-解网

问：

我正在使用修拉进行RNAseq分析，并且已经使用相同的代码一个多月了（没有问题）。FindNeighbors 现在（突然）出现错误，我似乎无法修复它。数据和代码与以前相同。

all.integrated <- all.integrated %>%
  FindNeighbors(reduction = "harmony", dims = 1:30) %>%
  FindClusters(reduction = "harmony", resolution = 0.1) %>%
  RunUMAP(reduction = "harmony", dims=1:30)


> Computing nearest neighbor graph
> Computing SNN
> Error in validObject(.Object) : 
invalid class “Graph” object: superclass "mMatrix" not defined in 
the environment of the object's class

我已经检查了该类，它是一个 SeuratObject。昨天唯一有效的是删除并重新安装 R 和 R studio（重新启动 R 无济于事），但现在它给出了相同的错误。该怎么办？

非常感谢！！

R 对象最近邻修拉和谐

感谢您的帮助！不幸的是，我的 R 似乎不接受这一点......还给出错误：错误：包“Matrix”的编译失败 * 删除“/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/library/Matrix” * 恢复以前的“/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-x86_64/Resources/library/Matrix”警告：安装包“/var/folders/7f/xpsl62cd4h12h1db2qybsxpm0000gn/T//RtmpVLBYgS/remotesd0b3733eae04/Matrix”具有非零退出状态你知道为什么吗？

0赞 csgroen 11/15/2023

不确定。。。您必须更具体地查看错误（此时它给出了错误）。也许尝试重新启动 R，卸载 Matrix 并重新安装版本 1.6.1

0赞 MarieSN 11/16/2023

再次感谢！不幸的是，这不会:(

0赞 Cloudberry 11/16/2023

@MarieSN 如果编译失败，通常会在上一条错误信息之上出现其他错误消息。看看它们，也许缺少依赖关系？

0赞 MarieSN 11/16/2023

非常感谢大家的帮助！它已被修复：这是一个编译问题，我已经通过 gfortran 安装解决了这个问题。

0赞 Mikael Jagan 11/16/2023 #2

在 Matrix < 1.6-2 和 Matrix >= 1.6-2 之间切换后，必须从源重新安装 SeuratObject <= 5.0.0。

install.packages("SeuratObject", type = "source")

SeuratObject 5.0.1 有另一个选择，所以另一个选择是简单地更新 SeuratObject。Imports: Matrix (>= 1.6-3)

无效的类“Graph”对象：未定义超类“mMatrix”（Seurat/R）

Invalid class "Graph" object: superclass "mMatrix" not defined (Seurat/R)

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