提问人：MikeB 提问时间：8/9/2023 最后编辑：MikeB 更新时间：8/10/2023 访问量：39
为什么 R 在从 RODBC 检索数据时会崩溃？
Why does R crash when retreiving data from RODBC?
问：
我正在使用 RGui 在 Windows 10 上运行 R 4.3.1。如果我连接到我的数据库：
library(RODBC)
connstr = sprintf('driver={ODBC Driver 17 for SQL Server};server=%s;database=%s;uid=%s;pwd=%s',
/* my parameters */)
dbhandle <- odbcDriverConnect(connstr)
我可以取回一列：
tbl1 <- sqlQuery(dbhandle, sprintf('select runID from myTable WHERE runID = 34'))
但是如果我尝试获取两列：
tbl2 <- sqlQuery(dbhandle, sprintf('select runID, fit from myTable WHERE runID = 34'))
RGui 只是崩溃。它不显示消息;它的窗户刚刚关闭，就这样结束了。
命令行中的 R.EXE 几乎相同：它结束并返回到命令提示符，没有错误消息。
为什么这么微不足道的练习会让 R 崩溃？如何在不崩溃的情况下使用 R？
同样在 Ubuntu 上
在 Ubuntu 20.04 上使用 R 3.6.3，我遇到了同样的问题，但至少我收到了一条段错误消息：
> tbl2 <- sqlQuery(dbhandle, sprintf('select fit from myTable WHERE runID = 34'))
给出这个：
*** caught segfault ***
address 0x560b5bbef000, cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: odbcFetchRows(channel, max = max, buffsize = buffsize, nullstring = nullstring, believeNRows = believeNRows)
2: sqlGetResults(channel, errors = errors, ...)
3: sqlQuery(dbhandle, sprintf("select fit from myTable WHERE runID = 34"))
如何使用 R 成功从 ODBC 查询数据？
答：
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MikeB
8/10/2023
#1
在解决了这个问题和相关问题之后，我认为很明显，RODBC 中存在一个围绕 SQL Server 上二进制数据类型处理的错误。
如果我从连接开始：
# install.packages('RODBC')
library(RODBC)
connstr = sprintf('driver={ODBC Driver 17 for SQL Server};server=%s;database=%s;uid=%s;pwd=%s',
/* my parameters */)
dbhandle <- odbcDriverConnect(connstr)
在该目标数据库中，我创建了一个小表：
create table mikeb.repocase (runid int, bindata varbinary(max));
insert into mikeb.repocase (runid, bindata) values (33, 0x0102030405);
我应该能够选择数据。在这里，数据只有五个字节，因此遇到内存损坏问题的可能性很低，但不是零。使用我在 R 中的连接：
tbl1 <- sqlQuery(dbhandle, 'select bindata from mikeb.repocase WHERE runID = 33')
返回数据。但这是不正确的：
> tbl1$bindata[[1]]
[1] 00 00 00 00 00
都是零，什么时候应该返回。01 02 03 04 05
将数据转换为将在 Linux （Ubuntu） 上返回正确的结果：image
> tbl2 <- sqlQuery(dbhandle, 'select CAST(bindata as image) as bindata from mikeb.repocase WHERE runID = 33')
> tbl2$bindata[[1]]
[1] 01 02 03 04 05
但是，在 Windows RGui 客户端上，相同的代码失败，并显示有关分配不可能数量的内存的错误：
> tbl2 <- sqlQuery(dbhandle, 'select cast(bindata as image) as bindata from mikeb.repocase WHERE runID = 33')
Error in odbcQuery(channel, query, rows_at_time) :
'R_Calloc' could not allocate memory (214748364800 of 1 bytes)
在 Linux 上，从列中获取大量数据（在我的例子中约为 13 MB）有时会导致段错误失败，其余时间返回具有正确长度但未初始化数据的对象。（这是安全问题吗？然而，使用演员表似乎几乎总是有效的。varbinary(max)IMAGE
有问题的代码位于 RODBC 函数中，该函数将进行列说明检查并设置数据绑定：cachenbind()
case SQL_BINARY:
case SQL_VARBINARY:
case SQL_LONGVARBINARY:
{
/* should really use SQLCHAR (unsigned) */
SQLLEN datalen = thisHandle->ColData[i].ColSize;
thisHandle->ColData[i].datalen = datalen;
thisHandle->ColData[i].pData = R_Calloc(nRows * (datalen + 1), char);
BIND(SQL_C_BINARY, pData, datalen);
}
调用 传递的大小为 1，计算为 的数量为 。 来自此专栏的 API。R_CallocnRows * (datalen + 1)datalenSQLDescribeCol()
对于数据类型，我们得到类型，并且是 -1。通过这种计算及其粗心的符号管理，加上忽略溢出，请求的数量是214748364800，与我们在 Windows 上看到的错误消息相匹配。（由于我现在还没有准备好在 Linux 上进行 C 开发，所以我无法评论那里发生了什么。也许 Linux 设法映射了一些内存来响应此调用，或者它最终从同一驱动程序的 Linux 版本中获得不同的数字。或者，可能是发生了其他事情。IMAGESQL_LONGVARBINARYdatalenR_CallocR_Calloc
对于类型，我们得到类型和 0 的数据。那么，请求的字节数比预期的要小得多——看起来是 100 字节。VARBINARY(max)SQL_VARBINARYR_CallocnRows
奇怪的是，这里使用的不是计算的.nRowsNROWS
无论如何，我们似乎很幸运 RODBC 可以返回二进制数据，因为它没有正确地处理数据的绑定或绑定内存的分配。
我今天已经写信给软件包维护者，但我还没有收到回复。
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