提问人：Hack-R 提问时间：4/9/2016 最后编辑：Hack-R 更新时间：4/10/2016 访问量：118
通过 Bio7 从 ImageJ 发送到 R 的测试图像的列号不相等
Unequal column numbers of test images sent to R from ImageJ via Bio7
问：
今天我发现了Bio7的奇迹。这个类似 eclipse 的 IDE 结合了 R 和 ImageJ，他们的网站上有一个关于如何使用这种组合进行图像特征提取和 ML 的教程。
我已经完成了本教程，但我没有尝试对单个图像的某些部分进行分类，而是处理> 100,000 张图像。
我发现我可以获得用于测试和控制的合格数据，但前提是我没有在测试数据中选择 ROI。虽然数据对象 - 一旦传递给 R 并使用适当指定的语句进行转换，我不得不怀疑我是否没有因为不指示 ROI 而在分类方面损失了很多价值。as.data.frame(matrix(unlist()))
在 ROI 管理器中指定 ROI 后，如何获取每个图像（或图像序列的每个帧/切片）具有 1 个元素（即矩阵列表中的 1 个矩阵或其他）的 R 对象？
答：
0赞
Marcel
4/10/2016
#1
问题在于“像素”操作仅从一个选择中传输像素数据。如果您不想使用 ImageJ 的 ROI 管理器，则此操作是额外的可用。
例如，如果导入图像序列，则可以使用“Pixel RM Stack”操作以最佳数据效率数据类型从 ROI 管理器传输一个 ROI。
文档：
http://bio7.org/manual/Main.html#toc-Subsection-4.4.3
http://bio7.org/manual/Main.html#toc-Subsubsection-4.4.3.1
此外，您还可以使用 Java API 传输图像（以堆栈形式导入图像序列），然后逐个分类和存储图像，例如使用调用 Rserve API 的 Groovy 或 Jython 脚本。
请参阅此处的示例：
http://bio7.622846.n4.nabble.com/Use-ProcessAviStack-Java-tp4640289p4640290.html
建议将映像序列作为虚拟堆栈（磁盘驻留映像）导入以节省 RAM 内存，请参阅：
https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/146-8.html
0赞
Marcel
4/10/2016
#2
另请参阅YouTube：
https://www.youtube.com/watch?v=CyGB8uUjbWk&list=PLzCgXMp4TBsVKSRHZ8Q9y_3ZSlGl2kcrp&index=3
建议“选择”按钮仅传输选择坐标，而不传输像素数据。
看：
https://www.youtube.com/watch?v=P2NflfBB2Tg
评论
0赞
Hack-R
4/10/2016
我的错误，我不是故意指定那个按钮。我会更新问题。
0赞
Marcel
4/10/2016
仅供记录。如果使用“IJ Raster Stack”操作将堆栈作为列表传输（在选项对话框中按否），则图像将按以下模式传输：1.作为矩阵对象列表（如果选择了“Double”、“Integer”、“Byte”传输类型）。2. 作为 3 列 R、G、B 整数矩阵的列表（如果选择了“RGB 字节”传输类型）
0赞
Marcel
4/10/2016
如果您使用“Pixel RM Stack”操作，请在选择整个图像的情况下创建一个 ROI（例如，按“a”键选择所有图像，按“t”键将选择添加到 ROI 管理器中 - 如果不起作用，请使用菜单）。您将获得一个矩阵，其中包含每个 ROI 选择的所有堆栈图像作为一列。在您的情况下，您只需要整个图像选择 ROI，这会产生一个矩阵，其中包含堆栈的所有加载图像。
评论