提问人:Xingzhi Xu 提问时间:11/1/2023 最后编辑:halferXingzhi Xu 更新时间:11/3/2023 访问量:70
如何使用零或一技巧在 JAGS 中编写 Weibull(参数化 AFT)模型
How to write a Weibull (Parametric AFT) model in JAGS using Zero or One Trick
问:
我正在尝试在 JAGS 中编写一个定制的 weibull AFT 模型。但是我定制的 weibull 船尾模型的输出与使用 .~dweib()
我尝试了三种不同的方式:
- 用。
time[i] ~ dweib(b, λ[i])
model{
for(i in 1 : N) {
is.censored[i] ~ dinterval(time[i], cen[i])
time[i] ~ dweib(b, lambda[i])
lambda[i] <- exp(-mu[i] * b)
mu[i] <- beta0 + beta1 * trt[i]
}
##priors for betas
beta0 ~ dnorm(0, 0.001)
beta1 ~ dnorm(0, 0.001)
##prior for b
b ~ dgamma(0.001, 0.001)
sigma <- pow(alpha, -1)
}
- 使用零个或一个技巧来生成自定义的似然分布。我使用jags手册中的危险和生存函数公式。我在下面的代码中使用了一个技巧。
data{
for(z in 1:N){
ones[z] <- 1
}
C <- 1000000
}
model{
for(i in 1 : N) {
is.censored[i] ~ dinterval(time[i], cen[i])
ones[i] ~ dbern(ones.mean[i])
##one trick
ones.mean[i] <- L[i] / C
##customize log-likelihood of the weibull distribution
L[i] <- ifelse(is.censored[i],
S[i],
h[i]*S[i])
h[i] <- b * lambda[i] * pow(time[i], b - 1)
S[i] <- exp(-lambda[i] * pow(time[i], b))
lambda[i] <- exp(-(mu + beta_formula[i]) * b)
beta_formula[i] <- beta1 * trt[i]
}
beta1 ~ dnorm(0, 0.001)
##prior for mu and sigma of the weibull distribution
mu ~ dnorm(0, 0.001)
b ~ dgamma(0.001, 0.001)
sigma <- pow(b, -1)
}
- 我使用该软件包对频率论者的参数化 AFT 模型进行威布尔分布建模,以确认方法 1 和 2 的结果。在拟合模型之前,我将审查指示器更改为死亡指示器。
flexsurv
flexsurvreg(formula = Surv(survT, dead) ~ I(trt),
data = df, dist = 'weibull')
在拟合了所有三个模型后,我注意到模型 2 的结果与模型 1 和模型 3 的结果明显不同(处理系数是 11 而不是 0.2),因此我定制的 Weibull 模型显然有问题。
我仍在尝试弄清楚如何上传数据集。同时,如何检查模型 2 的代码?一旦弄清楚,我会立即上传数据集。
答: 暂无答案
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flexsurv
ovarian
sigma <- pow(..., -1)