从 BAM 文件中提取按区域读取

问：

嗨，我想做两件事。

1. 从我的 BAM 文件中提取 A 碱基数，>= 20 个读取对齐。
2. 我想通过基因组区域来做到这一点。即我还想知道特定的 A 是否属于 3'UTR、外显子、内含子等。

有什么工具吗？我可以使用 samtools 来做吗？请帮忙

我尝试使用 smatools 提取对齐的 A 碱基，我使用了 samtools view awk 函数，但这为您提供了所有对齐 As 到参考基因组的数量，而不是 >= 20 个读段的 As，也没有区域信息。