在 Linux 上使用 R 和 RStudio （ubuntu 23.04）

using R and RStudio on linux (ubuntu 23.04)

提问人：Andy 提问时间：8/9/2023 更新时间：8/10/2023 访问量：686

问：

我希望在我的 ubuntu 安装中开始使用 R 和 RStudio。

我在更新/安装我的软件包时遇到问题，sudh 作为 DESeq2。根据这篇文章，这是因为 r-base 将软件包安装到受保护的操作系统文件中。

我已经遵循了这个帖子的建议，但我没有成功。其他人则建议对相对路径进行修改......

我真的很惊讶 r-base 安装有这个问题。我似乎找不到可以避免此问题的更新安装方法。我想问一下是否有人对克服这个问题有任何进一步的建议？

我也在使用 conda 环境，但我已将 R 和 RStudio 安装到基本环境中以避免出现问题，我认为它不支持通过 conda 环境运行。

我已经使用 ubuntu 一年了，我不想让 R 安装卡顿而引起头痛。

将不胜感激所有的洞察力。

干杯。

R Linux Ubuntu chmod

评论

0赞 jkd 8/9/2023
您是否遇到与您链接的帖子相同的错误消息？如果没有，您能否提供确切的错误消息？
0赞 Andy 8/9/2023
嗨，是的，完全一样;已使用以下帖子中描述的步骤完全擦除 R 安装 stackoverflow.com/questions/24118558/...
0赞 jkd 8/9/2023
您能否提供（来自 R 控制台）的输出？Sys.getenv("R_LIBS_USER")
0赞 Andy 8/9/2023
/根/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2
2赞 jkd 8/9/2023
这对你来说真的是一个问题吗？正如你所认识到的，有些软件包是在系统范围内安装的，不能使用 R 的内部机制 （） 进行更新，但它们会通过系统软件包 （apt upgrade） 进行更新（稍后）。update.packages()

答：

0赞 Dirk Eddelbuettel 8/10/2023 #1

您可以将 Ubuntu 23.04（我在笔记本电脑和服务器上运行）与 r2u 结合使用，为您提供 20,000 个具有完全依赖解析的二进制 （！！） 包。它还具有由这些软件包推断出的大约 250 个 BioConductor 软件包。

您也可以在 Docker 中试用。我只是通过

docker run --rm -ti rocker/r2u         # launches r2u for 22.04

后跟（现在在容器内）

Rscript -e 'system.time(install.packages("DESeq2"))'

它在 15.8 秒内安装了 52 个（二进制）软件包。现在我们有了 ，它处于 的控制之下，并将在获得更新时获得更新。有关更多信息，请参阅 r2u 网站。DESeq2aptapt

评论

1赞 Andy 8/10/2023
这看起来不可思议！实际上，只是通过设置软件包，手动安装依赖项非常痛苦！一定会检查出来的！谢谢！

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