如何在 Cytoscape 中可视化网络的子集？-解网

问：

我使用从 WGCNA 生成的单独的节点和边缘文件创建了一个网络。该网络有 381 个节点和超过 20K 条边。我想学习如何将放大到一个基因（节点）的巨型网络（节点）进行子集，该基因是我感兴趣的基因，以及与感兴趣的基因具有相似表达的其他连接节点？

谢谢！亚伯

我尝试根据列值（例如重量）进行过滤，但最终没有得到我想要的东西。

表达图论 Cytoscape

@ravenspoint，感谢您的回复！通过“绘制网络”，我的意思是可视化子集网络。以下是我想做的事情的细节：我将一个节点和边缘文件从 WGCNA 导入到 Cytoscape 中，并创建了这个巨大的网络，381 个节点和数千条边。我感兴趣的是，根据边缘的程度和数量，可视化与所选基因表现出相似表达的所有基因。如果您愿意，我很高兴向您展示我试图通过网络会议实现的目标。谢谢！

0赞 Abel Bel 11/7/2023

“度是我在 Cytoscape 中分析网络时得到的一列，是节点度分布。med.bioinf.mpi-inf.mpg.de/netanalyzer/help/2.7/......

0赞 Abel Bel 11/7/2023

节点度分布是指每个节点所连接的其他节点的数量。该值是通过单击 Cytoscape 中的“工具”->分析网络生成的。对不起，如果我无法很好地描述我的问题。

0赞 Abel Bel 11/7/2023

我已经更新了这个问题，想看看现在是否有意义。@ravenspoint谢谢！

答：

0赞 ravenspoint 11/7/2023 #1

选择仅包含“感兴趣”节点的大型图的特定子集通常很简单。为了详细回答这个问题，我们需要详细说明如何定义感兴趣的节点。

通常：

LOOP over 节点
- IF 节点“有趣”
  - 将节点复制到子集
对子集中的每对节点进行 LOOP 操作
- IF节点对在原始图中链接
  - 将链接复制到子集

我猜你已经尝试过这样的事情了。如果它不起作用，那么你的代码中可能有一个错误。如果不看到您的代码，我们无法提供帮助。

0赞 AlexanderPico 11/10/2023 #2

在 Cytoscape 中，我分两步完成：

选择您感兴趣的起始基因，然后选择第一邻居（F6），并创建子网。
根据表达式阈值过滤子网。

如何在 Cytoscape 中可视化网络的子集？

How can I visualize subset of a network in Cytoscape?

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