无法在 apptainer 容器内绑定或访问 PATH 外部FS_QC

问：

我正在 slurm 服务器上使用 apptainer 运行 fs_qc 工具箱 （https://github.com/Deep-MI/fsqc）。容器内的所有模块都执行良好，但形状模块除外，该模块需要有效的 FreeSurfer 安装。以正常方式（而不是在容器中）运行工具箱的文档指出：“在运行分析之前，还要确保 FreeSurfer 的来源（即FREESURFER_HOME设置为环境变量）。使用 apptainer 运行命令时，我该怎么做？

我收到的错误表明无法执行 FreeSurfer 命令，因为在容器内部找不到$PATH。我尝试在运行容器命令之前绑定路径（如此处 https://apptainer.org/docs/user/main/bind_paths_and_mounts.html 所述），但不确定这是否是正确的方法。

我试过了：

export APPTAINER_BIND=/path/to/FreeSurfer/

使用 apptainer 运行 fs_qc 的命令是：

apptainer run --bind /path/to/data/:/data_fsqc \
fsqc-latest.sif \
<--some required flags>
<--some other required flags>

我从 FS QC 得到的错误（在成功执行一些早期模块之后）是：

Failed to execute the following command:
mri_binarize -version
The following exception was raised:
[Errno 2] No such file or directory: 'mri_binarize'
[ERROR: fsqcMain.py: 1677]: ERROR: the shape module failed for subject sub-02
[ERROR: fsqcMain.py: 1678]: Reason: Failed to run FreeSurfer command, please check the required binaries are included in your $PATH.