Rstatix:pairwise_chisq_test_against_p之和必须为 1

Rstatix: pairwise_chisq_test_against_p must sum to 1

提问人:Graeme Frost 提问时间:9/29/2023 最后编辑:oneGraeme Frost 更新时间:9/30/2023 访问量:27

问:

我正在尝试使用包中的函数。我正在为一个大型数据集执行此操作,它基本上可以正常工作,但是我收到以下错误:pairwise_chisq_test_against_p()Rstatix

pairwise_chisq_test_against_p(posClinSig, probVec) 中的错误: 确保参数指定正确。>概率的总和必须为 1。p

这个错误似乎很简单,但是,当我尝试时,我得到了sum(probVec)[1] 1

以下是基础输入:

posClinSig <- structure(c(Benign = 13L, Pathogenic = 27L, `Uncertain Significance` = 122L
), dim = 3L, dimnames = list(. = c("Benign", "Pathogenic", "Uncertain Significance"
)), class = "table")
probVec<-c(0.160463597779954, 0.627979105452171, 0.211557296767875)

我不确定添加的上下文是否有帮助,但是当我尝试对不同的数据进行相同的操作时,它工作正常,请参阅下面的输入:

posClinSig_Works<-structure(c(Benign = 2L, Pathogenic = 53L, `Uncertain Significance` = 106L
), dim = 3L, dimnames = list(. = c("Benign", "Pathogenic", "Uncertain Significance"
)), class = "table")
probVec_Works <- c(0.161348241247042, 0.625805925079572, 0.212845833673386)

我尝试使用来检查数据格式的差异,但我没有看到任何东西。我不确定我是否遗漏了什么,或者其中有一些潜在的部分是挑剔。任何帮助都是值得赞赏的!str()pairwise_chisq_test_against_p()

R 统计数据 Rstatix

评论

1赞 one 9/30/2023
我无法复制您的错误消息。两种输入都有效。该函数的作用是检查,以便您可以尝试使用您的数据。如果由于浮点问题而恰好为 TRUE,您可能需要执行 .sum(p) != 1probVec <- probVec/sum(probVec)
0赞 Graeme Frost 9/30/2023
谢谢你的建议。我尝试手动检查,它返回了.不幸的是,也返回.如果是浮点问题,还有什么可以尝试的吗?sum(probVec) != 1TRUEsum(probVec/sum(probVec)) != 1TRUE

答: 暂无答案