提问人：Saud Lingawi 提问时间：7/12/2023 最后编辑：MarkSaud Lingawi 更新时间：9/1/2023 访问量：427
在 R 中隐藏 NS 显著性和括号，使用 geom_pwc、stat_pvalue_manual 或 stat_compare_means
Hiding NS significance and brackets in R, using geom_pwc, stat_pvalue_manual, or stat_compare_means
问：
我面临 、 和 的问题。问题如下：stat_compare_meansgeom_pwcstat_pvalue_manual
stat_compare_means实际上在大多数情况下工作得不错，除了我似乎无法摆脱 NS 重要性的括号。 只去掉了标签本身，而不是去掉了括号，我似乎不能让这些括号不出现。hide.ns对于两者 和 ，我读到这也隐藏了括号。但是，当我将这些函数中的任何一个与 一起使用时，我的所有意义都被删除了（尽管并非所有意义都是 ns）。
geom_pwcstat_pvalue_manualhide.nshide.ns=TRUE
我的数据是一个包含三个相关变量的 df：意愿（y 轴）、性别（x 轴）和风险（方面）。我的图是一个箱线图。有三个方面（风险：0.1%、2% 和 10%），四个性别类别（男性、女性、非二元性别和一般），意愿是一个连续的 0-100 量表。“一般”性别只是其他三个性别类别的综合数据，以观察非性别特异性的总体趋势，应排除在统计比较之外。
我的代码如下：
ggboxplot(combined_data,x = "gender", y = "willingness", color = "black", fill="gender", palette = c("coral4","#BBD1EA","#FFBB99","#FFF6BD"), facet.by = "Risk", short.panel.labs = FALSE, outlier.shape = NA) +
geom_point(aes(x=gender,y=willingness,fill=gender),position=position_jitterdodge(),alpha=0.3,size=1,shape=20) +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1)) +
theme(legend.position="none", axis.text.x=element_blank(),axis.ticks.x=element_blank(),axis.title.x = element_blank()) +
stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, label="p.signif", hide.ns = TRUE)
其中，在 中，“my_comparisons”为：stat_compare_means
my_comparisons <- list(c("Men", "Women"), c("Men", "Non-binary"), c("Women", "Non-binary"))
这将生成下面附加的第一张图像。
当我尝试使用 或 时，它们都会产生相同的数字。注意：这个似乎不允许我指定比较，所以这里包括“一般”。如果有人知道如何指定比较，那就太好了。代码为：geom_pwcstat_pvalue_manual
ggboxplot(combined_data,x = "gender", y = "willingness", color = "black", fill="gender", palette = c("coral4","#BBD1EA","#FFBB99","#FFF6BD"), facet.by = "Risk", short.panel.labs = FALSE, outlier.shape = NA) +
geom_point(aes(x=gender,y=willingness,fill=gender),position=position_jitterdodge(),alpha=0.3,size=1,shape=20) +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1)) +
theme(legend.position="none", axis.text.x=element_blank(),axis.ticks.x=element_blank(),axis.title.x = element_blank()) +
geom_pwc(group.by="x.var",label="p.signif",hide.ns=TRUE)
下图如下图所示。
这就是它的样子，注意当前的重要性水平：hide.ns=false
使用 会产生与 相同的结果，请注意以下代码：stat_pvalue_manualgeom_pwc
stat.test <- compare_means(willingness ~ gender, data = combined_data,
group.by = "Risk")
ggboxplot(.......same as above) +
stat_pvalue_manual(stat.test, label = "p.signif", hide.ns = TRUE)
因此，如果有人可以提供帮助：
- 删除带 stat_compare_means 的 ns 括号，或者
- 指定比较并使用 或 修复问题
hide.nsgeom_pwcstat_pvalue_manual
我将不胜感激。谢谢！
答：
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Francisco Lopes
9/1/2023
#1
您可以在绘图之前自动计算 p 值，并据此决定比较。就我而言stat_compare_means usus wilcoxin，所以我使用seurat findMarkers，它很快，也含有wilcoxin。就像我的例子一样：
comparisonsi <- list(c("AL", "DR"), c("AL", "SR100"))
pval_AL_vs_DR <- FindMarkers(sne_subset, ident.1 = "AL", ident.2 = "DR", features = c(gene), min.pct = 0, logfc.threshold = 0)[gene, "p_val"]
pval_AL_vs_SR100 <- FindMarkers(sne_subset, ident.1 = "AL", ident.2 = "SR100", features = c(gene), min.pct = 0, logfc.threshold = 0)[gene, "p_val"]
if (pval_AL_vs_DR<=0.05 & pval_AL_vs_SR100<=0.05) {comparisonsi <- list(c("AL", "DR"), c("AL", "SR100"))}
if (pval_AL_vs_DR<=0.05 & pval_AL_vs_SR100>0.05) {comparisonsi <- list(c("AL", "DR"))}
if (pval_AL_vs_DR>0.05 & pval_AL_vs_SR100<=0.05) {comparisonsi <- list(c("AL", "SR100"))}
if (pval_AL_vs_DR>0.05 & pval_AL_vs_SR100>0.05) {comparisonsi <- list()}
p_violin <- VlnPlot(sne_subset, features = gene, group.by = "diet", pt.size = 0, log = T) +
stat_compare_means(comparisons = comparisonsi, method = "wilcox.test", label = "p.signif", hide.ns = T)
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ggpubr::ggboxplotggplot::geom_boxplot