如何使用 R 语言安装 leiden 库并修复此错误?

How to installing leiden library using R languanges and fix this error?

提问人:TreesMusketeers 提问时间:11/17/2023 最后编辑:TreesMusketeers 更新时间:11/17/2023 访问量:13

问:

错误:

图书馆(莱顿)

创建 conda 环境(是/否)?是

是的

无法设置 conda 环境 r-reticulate

在终端中运行:

conda 初始化

conda create -n r-reticulate

已安装 conda 环境 r-reticulate

已安装 Python 模块 igraph 和 Leidenalg

# Install required packages
install.packages("devtools")
devtools::install_github("kharchenkolab/leidenAlg")
library(leiden)

# Read CSV files
data1 <- read.csv("file1.csv")
data2 <- read.csv("file2.csv")
data3 <- read.csv("file3.csv")

# Combine data into one data frame
data <- rbind(data1, data2, data3)

# Perform clustering using Leiden algorithm
result <- leiden(data)

# Plot the results
plot(result, data)
Python R 蟒蛇 Rstudio Leiden

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