如何在最新版本的 R 中导入 GTF 文件-解网

问：

我正在尝试将 GTF 文件上传到 R，但似乎之前的所有方法都已失效。

import(file.gtf)
importgtf(file.gtf)
read.gtf(file.gtf)

每一个，当我尝试安装该函数的包时，我得到“包'包'不适用于此版本的 R” GTF 文件是否有更新的方法？通常的 read.table（）也不起作用，因为 GTF 文件不是一个简单的 TSV。

r 导入生物信息学

library(rtracklayer)

g <- readGFF("https://raw.githubusercontent.com/vsbuffalo/bds-files/master/chapter-09-working-with-range-data/mm_GRCm38.75_protein_coding_genes.gtf")

head(g)
#>   seqid         source type   start     end score strand phase
#> 1     1 protein_coding gene 3205901 3671498    NA      -    NA
#> 2     1 protein_coding gene 4343507 4360314    NA      -    NA
#> 3     1 protein_coding gene 4490928 4496413    NA      -    NA
#> 4     1 protein_coding gene 4773206 4785739    NA      -    NA
#> 5     1 protein_coding gene 4807788 4886770    NA      +    NA
#> 6     1 protein_coding gene 4857814 4897909    NA      +    NA
#>              gene_id gene_name    gene_source   gene_biotype
#> 1 ENSMUSG00000051951      Xkr4 ensembl_havana protein_coding
#> 2 ENSMUSG00000025900       Rp1        ensembl protein_coding
#> 3 ENSMUSG00000025902     Sox17        ensembl protein_coding
#> 4 ENSMUSG00000033845    Mrpl15 ensembl_havana protein_coding
#> 5 ENSMUSG00000025903    Lypla1 ensembl_havana protein_coding
#> 6 ENSMUSG00000033813     Tcea1 ensembl_havana protein_coding

^{创建于 2022-11-01 with reprex v2.0.2}

如何在最新版本的 R 中导入 GTF 文件

How to import GTF file in recent versions of R

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