提问人：Yuval 提问时间：10/5/2023 最后编辑：pippo1980Yuval 更新时间：10/6/2023 访问量：25
如何使用 PCcli 命令生成数百个肽坐标？
How to use PCcli command to generate hundreds of peptide coordinates?
问：
有一个 PCcli 命令 [https://pypi.org/project/PeptideConstructor/] 可以构建给定肽序列的.pdb文件，但是我不明白如何将其用于数百个肽序列。它对单肽的用法是这样的：
pip install PeptideConstructor
PCcli -s AaDdKSQym -o output.pdb
这里，-s 标志后面的字符是肽序列，-o 标志用于命名输出 .pdb 文件。我在 .csv 文件中有一个肽序列列表，并希望使用 PCcli 命令生成这些序列的 .pdb。
假设我有 100 个序列，并用 阅读“序列”列。pd.read_csv
import pandas as pd
df = pd.read_csv("PeptideSequences.csv")
然后，使用for循环，我尝试将每个序列行放在-s标志之后，并以相同的方式为输出.pdb文件提供序列名称。
for i in range(100):
PCcli -s str(df.loc[i,'Sequences']) -o str(df.loc[i,'Sequences']).pdb
但是，我收到了无效的语法错误。你能帮我使用这个命令吗？我也希望您能提出其他使用建议。例如，映射序列
答：
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mozway
10/5/2023
#1
您可以使用 subprocess.call：
from subprocess import call
for seq in df['Sequences']:
call(['PCcli', '-s', seq, '-o', f'{seq}.pdb'])
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