使用 r 变量在 Windows 中从 rmarkdown 运行 bash 命令

问：

我正在我的数据上运行 DADA2，对于引物修剪，我需要在我的机器上安装 cutadapt （Windows 11）。由于我无法在 Windows 上安装它，所以我在我的 WSL 上进行了安装，我正在尝试通过 Windows 中使用的 rmarkdown 在我的逗号中使用这个已安装的版本。

当运行 bash 块来验证 cutadapt 的版本时，它有效

```{bash}
cutadapt--version
```

3.5

但是，当我使用以下命令时

```{bash}
sh windows_path_to_bash_script R_variable1 R_variable2 R_variable3 windows_path_to_log_file
```

它保持运行而不生成任何文件。

任何帮助将不胜感激。