开发 Sweave 文档的建议-解网

问：

我希望简化我的 Sweave 文档创建，我想听听人们当前的设置。我觉得圣杯是这样的：

在一半的屏幕
单键绑定编译 Sweave 文档并运行 pdflatex
查看 PDF 在屏幕的另一半;一次编译后，PDF 将刷新并围绕您正在编辑的文档部分居中
如果编译有错误，请用编译结果替换 PDF（例如 latex 错误或 Sweave 错误）

我猜测/希望解决方案是 Emacs/ESS 的一部分，结合 Emacs 配置文件的一些代码和/或一个漂亮的 Makefile。但我真的很想听听每个人喜欢的创建 Sweave 和/或 Latex 文档的方式。

Emacs R 乳胶 Sweave ESS

我倾向于只调用我之前在添加“R CMD Sweave”之前编写的简单 shell 脚本（因为我发现重新创建或复制 Makefile 没有吸引力，YMMV）。我还使用 Emacs 和自动刷新的 pdf 查看器（如或）。Emacs23 也可以直接预览 pdf 文件，但我还没有将我的工作流程切换到它。sweaveokularkpdf

edd@ron:~$ cat bin/sweave
#!/bin/bash -e

function errorexit () {
    echo "Error: $1"
    exit 1
}

function filetest () {
    if [ ! -f $1 ]; then
       errorexit "File $1 not found"
    fi
    return 0
}


if [ "$#" -lt 1 ]; then
    errorexit "Need to specify argument file"
fi


BASENAME=$(basename $1 .Rnw)

RNWFILE=$BASENAME.Rnw
filetest $RNWFILE
echo "library(tools); Sweave(\"$RNWFILE\")" \
      | R --no-save --no-restore --slave

LATEXFILE=$BASENAME.tex
filetest $LATEXFILE && pdflatex $LATEXFILE

6赞 Shane 9/5/2009 #2

你可以用 Eclipse 的 StatET 插件做你建议的一切。这就是我用于 Sweave 开发的方法;它对 latex 和 R 都非常了解，包括语法高亮等。

你可以在这里得到它：http://www.walware.de/goto/statet。

Longhow Lam 写了一个很好的指南：http://www.splusbook.com/Rintro/R_Eclipse_StatET.pdf。

http://www.statalgo.com/?p=93

我也使用“每个项目一个目录”和 Makefile 方法。我还包含用于在 HTML 中创建输出的命令，然后可以使用 tth 将其转换为 OOo 和 MS Word。这对我来说很重要，因为我的很多合作者都是 MS Office 用户，并且抵制使用 PDF 输出。我从范德比尔特的弗兰克·哈雷尔（Frank Harrell）的twiki中学到了很多东西。

就我个人而言，我使用 gvim 作为我选择的编辑器，从那里运行 make 非常简单，就像它来自 Emacs 一样。

6赞 Sharpie 9/24/2009 #4

我在 OS X 上使用 TeXShop 来生成我所有的 LaTeX 和 Sweave 报告。对我来说，一个新的编译管道就像添加一个文件一样简单，调用该文件包含以下内容：Sweave.engine~/Library/TeXShop/Engines/

#!/usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(T)

fname <- strsplit(args[1],'\\.')[[1]][2]

Sweave(paste(fname,'Rnw',sep='.'))

system(paste('pdflatex',paste(fname,'tex',sep='.')))

Sweave 现在是一种在 TeXShop 中编译文档的可选方法。我可以通过在文件顶部添加以下 TeX hash-bang 将其设置为文档的默认值：

% !TEX TS-program = Sweave

按 Cmd-T 将对文档进行排版 - pdf 会自动在单独的窗口中弹出。TeXShop 还集成了 SyncTeX 技术，因此 Rnw 源中的 Cmd-Click 将突出显示 PDF 窗口中的相应输出，而 PDF 窗口中的 Cmd-Click 将突出显示 Rnw 源中的相应输入。

TeXShop 仅适用于 Mac，但基于 Qt/poppler 的克隆 TeXworks 可用于 Linux、Windows 和 Mac，并支持许多相同的功能——包括 TeX hash-bangs 和 SyncTeX。TeXworks 已经达到了一个成熟度，它包含在 Windows 的 MikTeX 软件包的 2.8 版中。

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