提问人：Fabi B 提问时间：11/16/2023 更新时间：11/17/2023 访问量：37
将哪个相异性指数用于分类生态数据
Which dissimilarity index to use with categorical ecological data
问：
我目前正在研究以分类方式表示微生物丰度的数据，例如 0 = 没有生物;1 = 1-5 个生物体;2 = 6-10，依此类推（5 为最高数字）。而且我不太确定哪种差异指数最适合与 vegdist 一起使用，以获得此类数据，然后进行 Pcoa 等。所以我想问一下是否有人有任何经验，可以推荐一个指数？
提前致谢！
答：
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Diogo B Provete
11/17/2023
#1
看起来你有一个序数变量。这有时用于植物物种，但也用于一些微生物。我首先通知 R 这些列是序数因子：
factor(myData$free_bacteria, ..., ordered=TRUE)
然后，我会使用某种形式的基于模型的无约束排序方法来提出一个排序图，这将为您提供与 PCoA 相同的结果。
这是因为 中可用的相异系数都不能处理序数变量。vegan::vegdist
另一方面，可以使用 .gllvmgllvm(data, ..., family="ordinal")
该包还有一个序号族。ecoCopula
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Jari Oksanen
11/22/2023
#2
您的比例就像任何常用的班级比例一样。例如，德国的植被人使用类比布劳恩-布朗凯量表。您可以使用您选择的任何相异性指数。
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