提问人：star 提问时间：11/12/2023 最后编辑：star 更新时间：11/13/2023 访问量：39
如何从 AAString 对象中子集 AA？
How to subset AAs FROM AAString object?
问：
我有一个如下所示的 AAString 集，如何从 seq 列中子集区域。
df <- AAStringSet(c("MEKIVLLLA", "MEKIVLDIA"))
输入：
df:
AAStringSet object of length 2:
width seq names
9 MEKIVLLLA A1
9 MEKIVLDIA A2
输出：
AAStringSet object of length 2:
width seq names
6 MKLLLA A1
6 MKLDIA A2
我使用了以下代码，但它不起作用：
positions <- c(1,3,6,7,8,9)
end_positions <- c(1,3,6,7,8,9)
subseq(df, start = positions, end = end_positions))
答：
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Chris
11/12/2023
#1
也许是一种方法，base
seq1 = 'MEKIVLLLA'
seq2 = 'MEKIVLDIA'
paste(unlist(strsplit(seq2, split = ''))[c(1,3,6:9)], collapse='')
[1] "MKLDIA"
paste(unlist(strsplit(seq1, split = ''))[c(1,3,6:9)], collapse='')
[1] "MKLLLA"
然后深入研究复杂性......
seq1_AA = Biostrings::AAString(x = seq1, start = 1)
seq1_AA
9-letter AAString object
seq: MEKIVLLLA
seq1_AA[c(1,3, 6:9)]
6-letter AAString object
seq: MKLLLA
Biostrings::subseq(seq1_AA[c(1,3,6:9)])
6-letter AAString object
seq: MKLLLA
我已经找到了通往你地狱的路。 是我正在寻找的途径，还没有取得多大成功，以便应用于 AAStringSet，而不是按行......这导致我们感到困惑，头脑爆炸，人们认为这炖菜必须为凡人包装。?XVector::subseqIRanges::solveUserSEW
真正知道的人会来。我的理解最远的是Biostrings
Biostrings::AAStringSet(c(as.character(seq1_AA[c(1,3,6:9)]),as.character(seq2_AA[c(1,3,6:9)])))
AAStringSet object of length 2:
width seq
[1] 6 MKLLLA
[2] 6 MKLDIA
这似乎不令人满意，因为人们想要绕过并将索引应用于所有，想象一个在指针海洋中不存在的 df$seq。 有，它有一个左、中、右，看起来非常像，提议的那种缩小，你希望管理所有这些，而不是我看似机械地减少 seq 内。叹息。c(...seq?IRanges::narrowthreebands()c(1,3,6:9)subseqc(
我的探索在这里可能是不必要的，但是当你有很多成员时，他们都在寻求相同的简化/简化AAStringSet
str_6 = list()
for (i in 1:length(AAseq_12)) {
str_6[[i]] <- unlist(AAseq_12[[i]])[c(1,3,6:9)]
}
str_6_set = Biostrings::AAStringSet(str_6)
str_6_set
AAStringSet object of length 2:
width seq
[1] 6 MKLLLA
[2] 6 MKLDIA
人们仍然抱有希望，但要驾驭错误......subseqsubscript out of bounds
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AAStringSet{c(