提问人:Ellery Vincent 提问时间:10/13/2023 最后编辑:DerfEllery Vincent 更新时间:10/14/2023 访问量:50
如何将 csv 加载到 R 中并能够在函数中使用它
How to load csv into R and be able to use it within a function
问:
每次我尝试加载并使用带有函数 (load_mix_data) 的 csv 文件时,我都会收到此错误,我无法弄清楚问题出在哪里。我可以在 R Studio 中看到该文件,但是当我尝试使用该函数时,出现错误。
“read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : 'file' 必须是字符串或连接”
file_path <- "~/Desktop/ADFG Black Bear Stable Isotope/SI_Sp.csv"
mix.filename <- read.table(file_path, header = TRUE, sep = ",", quote = "\"")
source.filename <- read.csv("Sources1_5_2021.csv")
discr.filename <- read.csv("DV_SIDER_omnivore.csv")
n.mod <-10
mix <- vector("list", n.mod)
#Define each model, note the factor or continuous effect
mix[[1]] <- load_mix_data(filename=mix.filename,
iso_names=c("C","N"),
factors=c(NULL),
fac_random=c(NULL),
fac_nested=c(NULL),
cont_effects=c(NULL))
head(mix.filename)
sample sex age class season month year bait dayshunt skullen skulwid lengthWidth
1 93 M 2 J S 5 2016 Yes 1 9.9375 4.8750 14.8125
2 112 M 7 A S 5 2016 No 2 11.3125 6.5000 17.8125
3 109 M 7 A S 5 2016 No 4 11.5625 6.1250 17.6875
4 180 M 5 A S 5 2016 Yes 2 10.1875 5.6250 15.8125
5 226 F 3 SA S 5 2017 Yes 2 9.7500 5.5625 15.3125
6 208 M 11 A S 5 2016 Yes 1 12.2500 7.0625 19.3125
C N
1 -22.214 6.59
2 -20.284 5.94
3 -23.864 5.04
4 -22.964 5.42
5 -25.572 5.54
6 -23.454 7.03
答:
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Derf
10/13/2023
#1
OP 忘了提到从哪里来,我认为它来自对 CRAN 的快速搜索。问题是实际上不是所需的文件名,因为 DataFrame 是保存自 的输出。该函数所需的字符串是包含文件链接目录的字符串,在您的代码中是 .所以它实际上应该是load_mix_data
MixSIAR
mix.filename
mix.filename
read.table()
file_path
mix[[1]] <- load_mix_data(filename=file_path,...)
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PGSA
10/13/2023
这难道不是很有趣吗?波浪号使用环境变量,而不是工作目录。Users/elleryvincent/Documents/Desktop/ADFG Black Bear Stable Isotope/SI_Sp.csv
R_USER
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Derf
10/13/2023
哦,谢谢,@PaulStaffordAllen我不知道。我只是在更改当前工作目录后对其进行了测试。顺便说一句,我不确定网站政策,我是否添加您的评论(关于波浪号)以改进我的答案?我对如何回复包含比答案本身更多/更好/正确信息的评论有点困惑。dirname("~")
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PGSA
10/13/2023
我认为编辑它是一种很好的做法 - 如果需要,人们可以随时查看编辑历史记录。
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Ellery Vincent
10/13/2023
嗨,是的,我通常加载文件没有问题,我会把 setwd 拿出来更清楚。问题是load_mix_data运行函数,这就是我收到错误的地方。
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~
R_USER
C:/Users/[username]/Documents
C:/Users/[username]