将 CSV 从 github 读取到 R 中

从文档：url

请注意，不支持“https://”连接（某些 Windows 上的例外）。

所以问题是 R 不允许与 URL 连接。https

您可以与以下功能一起使用：download.filecurl

download.file("https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv", 
    destfile = "/tmp/test.csv", method = "curl")

试试这个：

library(RCurl)
x <- getURL("https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv")
y <- read.csv(text = x)

您有两个问题：

1. 您不是链接到“原始”文本文件，而是链接到 Github 的显示版本（访问 https：\raw.github.com 的 URL。csv 以查看原始版本和显示版本之间的差异）。
2. https 在很多情况下是 R 的一个问题，所以你需要使用一个包来绕过它。在某些情况下（虽然不是 Github），您可以简单地将 https 替换为 http 并解决问题，因此您始终可以先尝试一下，但我发现使用 RCurl 可靠且没有太多额外的输入。RCurl

我正在使用 R 3.0.2，此代码可以完成这项工作。

urlfile<-'https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv'
dsin<-read.csv(urlfile)

还有这个

urlfile<-'https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv'
dsin<-read.csv(url(urlfile))

编辑 （sessionInfo）

R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=Polish_Poland.1250  LC_CTYPE=Polish_Poland.1250   
[3] LC_MONETARY=Polish_Poland.1250 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=Polish_Poland.1250    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.0.2

这就是我一直在帮助开发里约热内卢的目的。它基本上是一个通用的数据导入/导出包，支持 HTTPS/SSL 并从其扩展名推断文件类型，因此允许您使用一个导入函数读取基本任何内容：

library("rio")

如果您从 Github 获取 CSV 的“原始”url，则可以将其加载一行：import

import("https://raw.githubusercontent.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv")

结果是一个 data.frame：

     top100_repository_name   month monthly_increase monthly_begin_at monthly_end_with
1                    Bukkit 2012-03                9              431              440
2                    Bukkit 2012-04               19              438              457
3                    Bukkit 2012-05               19              455              474
4                    Bukkit 2012-06               18              475              493
5                    Bukkit 2012-07               15              492              507
6                    Bukkit 2012-08               50              506              556
...

意识到这个问题已经很老了，谷歌仍然将其报告为最佳结果（至少对我来说是这样），所以我决定提供 2015 年的答案。

人们现在通常迁移到 r-bloggers 所描述的包（包括著名的），它提供了以下非常简单的解决方案：curlhttr

library(curl)

x <- read.csv( curl("https://raw.githubusercontent.com/trinker/dummy/master/data/gcircles.csv") )

curl 可能不适用于 Windows，至少对我来说是这样

这就是在 Windows 中对我有用的东西

download.file("https://github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv", 
    destfile = "/tmp/test.csv",method="wininet")

在 Linux 中

download.file("https://github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv", 
    destfile = "/tmp/test.csv",method="curl")

与 akhmed 的风格类似，我想我会更新答案，因为现在你可以只使用 Hadley 的包。 需要注意的一点是：您需要将 url 作为原始内容（见下文）。 下面是一个示例：readr//raw.git...

library(readr)
data <- read_csv("https://raw.githubusercontent.com/RobertMyles/Bayesian-Ideal-Point-IRT-Models/master/Senate_Example.csv")

瞧！

一个相当虚拟的方式......使用从剪贴板复制/粘贴

x <- read.table(file = "clipboard", sep = "t", header=TRUE)

现在似乎 GitHub 希望您通过他们的 API 来获取内容。我使用了gh包，如下所示：

require(gh)

tmp = tempfile()
qurl = 'https://raw.githubusercontent.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv'
# download
gh(paste0('GET ', qurl), .destfile = tmp, .overwrite = TRUE)
# read
read.csv(tmp)

重要的是提供个人访问令牌 （PAT）。要么通过参数，要么像我一样，通过在文件 [1] 中全局设置 PAT。当然，您首先必须在 GitHub 帐户中创建 PAT。gh(.token = )~/.Renviron

[1]，我想所有 r-lib 包都会首先搜索，因为 gh 是一个。其中的令牌应如下所示：~/.Renviron

GITHUB_PAT = "XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX"

---

您还可以使用 usethis 包来设置 PAT。

正如其他帖子所提到的，只需转到 github 上原始代码的链接即可。

例如：

x <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/rfordatascience/tidytuesday/master/data/2018/2018-04-23/week4_australian_salary.csv")