按 row.names 子集矩阵

Subsetting a matrix by row.names

提问人:histelheim 提问时间:3/27/2014 最后编辑:histelheim 更新时间:5/30/2019 访问量:54213

问:

我有一个矩阵,其中包含以下 row.names:

"X1"   "X5"   "X33"  "X37"  "X52"  "X566"

现在我只想选择与列表条目匹配的行,比如:

include_list <- c("X1", "X5", "X33")

我想我会做这样的事情:

data.subset <- subset(data, row.names == include_list)

但是,此特定代码似乎无法完成这项工作。如何以这种方式执行子集?

r 数据操作

评论

0赞 BanAnanas 9/30/2022
请记住,这个例子是一个向量 c(),而不是一个 list()。对于那些寻找 list() 解决方案的人,我的回答为 list() 提供了解决方案。

答:

39赞 Rich Scriven 3/27/2014 #1

设置一些虚假数据:

m <- matrix(1:30, 6, 5)
rownames(m) <- c("X1", "X5", "X33", "X37", "X52", "X566")
m
#      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
# X1      1    7   13   19   25
# X5      2    8   14   20   26
# X33     3    9   15   21   27
# X37     4   10   16   22   28
# X52     5   11   17   23   29
# X566    6   12   18   24   30

在这里,使用矩阵索引 () 进行子集可能是最简单的:[

include_list <- c("X1", "X5", "X33")
m[include_list, ]
#     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
# X1     1    7   13   19   25
# X5     2    8   14   20   26
# X33    3    9   15   21   27

功能替代方案:subset()

subset(m, rownames(m) %in% include_list)
#      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
# X1     1    7   13   19   25
# X5     2    8   14   20   26
# X33    3    9   15   21   27
3赞 histelheim 3/27/2014 #2

这似乎也有效:

include_list <- head(read.csv("/Users/histelheim/include_list.csv", header = FALSE))
include_list <- c(do.call("cbind", include_list)) 
data[row.names(data) %in% include_list, ]
1赞 BanAnanas 5/30/2019 #3

以防万一某人的include_list是类列表(而不是向量),那么这是对 Rich Scriven 答案的修改,基于,在这种情况下有效。 应添加:unlist()

m <- matrix(1:30, 6, 5)
rownames(m) <- c("X1", "X5", "X33", "X37", "X52", "X566")
include_list <- list("X1", "X5", "X33")


m[unlist(include_list), ]