提问人：littleworth 提问时间：8/1/2017 更新时间：3/8/2023 访问量：39300
如何在 dplyr 链中筛选时保留基本数据帧行名
How to preserve base data frame rownames upon filtering in dplyr chain
问：
我有以下数据框：
df <- structure(list(BoneMarrow = c(30, 0, 0, 31138, 2703), Pulmonary = c(3380,
21223.3333333333, 0, 0, 27)), row.names = c("ATP1B1", "CYCS",
"DDX5", "GNB2L1", "PRR11"), class = "data.frame", .Names = c("BoneMarrow",
"Pulmonary"))
df
#> BoneMarrow Pulmonary
#> ATP1B1 30 3380.00
#> CYCS 0 21223.33
#> DDX5 0 0.00
#> GNB2L1 31138 0.00
#> PRR11 2703 27.00
我想做的是删除任何列中值为 < 8 的行。我试过这个，但是行名（例如ATP1B1，CYCS等）不见了：
> df %>% filter(!apply(., 1, function(row) any(row <= 8 )))
BoneMarrow Pulmonary
1 30 3380
2 2703 27
我怎样才能在 dplyr 链中保留它？
答：
62赞
mt1022
8/1/2017
#1
您可以将行名转换为列，并在过滤后恢复：
library(dplyr)
library(tibble) # for `rownames_to_column` and `column_to_rownames`
df %>%
rownames_to_column('gene') %>%
filter_if(is.numeric, all_vars(. >= 8)) %>%
column_to_rownames('gene')
# BoneMarrow Pulmonary
# ATP1B1 30 3380
# PRR11 2703 27
评论
6赞
Tapper
5/3/2020
这个答案效果很好 - 但我一直想知道为什么 dplyr 首先要删除行名？
4赞
BENY
8/1/2017
#2
使用基本 R 布尔值尝试一下怎么样
df[rowSums(df>8)==dim(df)[2],]
BoneMarrow Pulmonary
ATP1B1 30 3380
PRR11 2703 27
编辑1：或者你可以做（按照@user20650）会给你相同的结果。df[!rowSums(df<8),]
评论
1赞
user20650
8/1/2017
漂亮而简洁的答案。也会这样做df[!rowSums(df<8),]
0赞
BENY
8/1/2017
@user20650你的答案更好~
1赞
James Hirschorn
2/6/2020
@YOBEN_S但是您的解决方案看起来像 base ，而不是（但您写了“dplyr 绝对可以解决这个问题......”，所以我很好奇）。Rdplyr
4赞
akrun
8/1/2017
#3
这是另一种方法base RReduce
df[Reduce(`&`, lapply(df, `>=`, 8)),]
# BoneMarrow Pulmonary
#ATP1B1 30 3380
#PRR11 2703 27
2赞
Alexis Lucattini
5/8/2018
#4
对于基因计数，您通常想知道是否至少有 x 个样本的计数大于 y 个样本，而不仅仅是所有样本的计数。
不像filter_if漂亮，但我不确定如何使用all_vars实现相同的 rowSums 条件
x <- sample_threshold
y <- count_threshold
require(dplyr)
require(tibble)
df %>%
tibble::rownames_to_column('gene') %>%
dplyr::filter(rowSums(dplyr::select(., -gene) > y) > x) %>%
tibble::column_to_rownames('gene')
1赞
LMc
3/8/2023
#5
从 1.0.4 开始，这不是问题，他们引入了 if_any/if_all 以使此任务变得更加容易：dplyr
library(dplyr)
df %>%
filter(if_all(everything(), ~ . >= 8))
输出
BoneMarrow Pulmonary
ATP1B1 30 3380
PRR11 2703 27
评论