提问人：Lucas Kreiman 提问时间：11/12/2023 最后编辑：Ben BolkerLucas Kreiman 更新时间：11/18/2023 访问量：161
fitTMB（TMBStruc） 中的错误：起始参数值处的负对数似然为 NaN
Error in fitTMB(TMBStruc) : negative log-likelihood is NaN at starting parameter values
问：
我有一些关于果蝇发育时间的数据。我正在用指定为随机效应的小瓶进行处理，如下所述：
model_tddVZ <- glmmTMB(age ~ treatment + (1|vial), tddcVZ)
但是，我遇到了以下错误消息：
fitTMB（TMBStruc） 中的错误： 负对数似然在起始参数值处为 NaN
我尝试从 R 版本 4.3.2 更改为 4.2.2，但问题仍然存在。你能解释一下这个问题吗？
我的操作系统是 Windows 10 专业版。
我确实尝试更改 R 版本并重新安装软件包。
答：
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sleepy
11/18/2023
#1
这似乎是与最近对软件包的更改有关的问题。有关详细信息，请参阅此处。Matrix
我在以前工作的模型中遇到了与您相同的问题，当我尝试在 lme4 中运行它们时，我也遇到了一些不寻常的错误和无法运行（这个错误，也在 SO 上有相关讨论）。
我能够通过从源代码重新安装 Matrix 来解决 lme4 和 glmmTMB 的错误 （v 1.6-2）。我想这也对你有用。
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Paul Schmidt
11/18/2023
非常感谢。这也为我解决了这个问题。但是，请注意，我首先重新安装了 Matrix v 1.6-3，但它不起作用。它只有在安装 v 1.6-2 后才真正起作用。更让我恼火的是，我现在在我的软件包列表中出现了两次“Matrix”——一次是 v.16-2，一次是 1.5-4.1。后者无法删除。
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Ben Bolker
11/21/2023
尝试查看安装位置/版本。您可以随时通过操作系统手动删除这些特定目录。installed.packages() |> as.data.frame() |> subset(Package=="Matrix", select = c(LibPath, Version))
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summary(tddcVZ[,c("age", "treatment")])with(tddcVZ, table(vial, treatment))