提问人:user1237300 提问时间:8/26/2023 更新时间:8/27/2023 访问量:103
在装有 Mac M1 的 Jupyter 笔记本中使用 rpy2 时遇到问题
Having problems using rpy2 in Jupyter notebook with Mac M1
问:
我在使用 Mac M2 在 Jupyter 笔记本中导入 rpy1 时遇到问题。如果我从终端使用 python 运行代码,似乎没有问题。我知道很多人也遇到了问题,例如 github 上的这个问题、安装 rpy2 的问题、Windows 的问题等。
我尝试了很多方法,但似乎没有一件奏效。我的错误消息也略有不同。
总之,当我导入时,我得到错误:from rpy2.robjects.packages import importr
Unable to determine R library path: Command '('/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/R/bin/Rscript', '-e', 'cat(Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH"))')' died with <Signals.SIGABRT: 6>.
其次
OSError: cannot load library '/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/R/lib/libR.dylib': dlopen(/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/R/lib/libR.dylib, 0x0002): Library not loaded: '@rpath/libblas.3.dylib'
Referenced from: '/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/R/lib/libR.dylib'
Reason: tried: '/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/R/lib/libblas.3.dylib' (no such file), '/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/R/lib/../../libblas.3.dylib' (no such file), '/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/R/lib/libblas.3.dylib' (no such file), '/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/R/lib/../../libblas.3.dylib' (no such file), '/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/python3.11/site-packages/../../libblas.3.dylib' (no such file), '/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/bin/../lib/libblas.3.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libblas.3.dylib' (no such file), '/usr/lib/libblas.3.dylib' (no such file)
在 GitHub 链接中提出的问题中,他们的错误消息与使用基于 Intel 的 R 与基于 m1 芯片的 R 的兼容性问题有关。我在这里没有收到那个错误。
正如人们所指出的那样,我尝试通过conda安装,但它仍然不起作用。r-base
r-essentials
我还尝试根据错误消息将 R 路径设置为:
import os
os.environ['R_HOME'] = '/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/R/'
但它仍然抱怨。
鉴于路径,我发现错误消息很奇怪
/Users/mydir/miniconda3/envs/ds_project/lib/R/bin/Rscript
存在于我的本地计算机上。
这可能是我的IDE,Vscode的问题吗?还是使用 Jupyter 笔记本(我的 jupyterlab 版本是 3.6.5)?如上所述,我在终端上的 python 上运行它不会遇到问题。我的 R 安装也位于
/opt/R/arm64/
但我有
/opt/R/x86_64/
也可用。
我将不胜感激任何帮助/建议。非常感谢。
答:
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user1237300
8/27/2023
#1
我通过导出R_HOME变量来解决它,如下所示:在此处输入链接描述
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