提问人：Iterator 提问时间：8/21/2011 最后编辑：CommunityIterator 更新时间：12/27/2019 访问量：20753
迁移 R 库
Migrating R libraries
问：
我想在 Linux 上将多个 R 库 （*） 从一个驱动器移动到另一个驱动器，并想知道简单的移动是否可行且安全，或者我是否应该卸载并重新安装包。我意识到库的位置是通过“R 安装和管理”手册确定的，并且已经查看了“R 安装和管理”手册以了解有关迁移库的信息，但没有看到推荐的过程。.libPaths()
我认为有三种选择：
- 运行所有非基本软件包，然后通过 重新安装。
remove.packages()install.packages(lib = "/path/to/new/location") - 移动库（目录），并使用符号链接指向新位置（并最终删除符号链接）
mv - 按照 R 安装和管理手册中的建议，在 Linux 中使用命令将目录批发和更新到
mv.Library.siteR_HOME/etc/Rprofile.site
选项 #1 是直截了当的。选项 #2 应该有效，但似乎有点不合理。
#3 安全还是存在严重问题？我发现的问题是：目录权限以及任何包的设置存储绝对路径而不是相对路径的可能性（这似乎是不合理和不必要的）。
关于绝对路径的存储，我发现将 的位置存储在一个名为 .这本身不是库问题，但它表明一个包（并且是一个很好的包）保留了绝对路径的私有副本。rJavaR_HOMErun
(*)有几个库和许多包。当然，只有库（目录）被移动，但包可能会受到影响。
更新 1 / 澄清：澄清一下：我只是迁移库，而不是更改 R 的版本或包的版本。更新 R 或包可以单独完成，但问题是移动库是否可行。似乎如果有必要更新或重新安装所有软件包以确保正确安装，那么这是一条更类似于选项 #1 而不是选项 #3 的路径。
更新 2：另一个 SO 帖子的答案有一些关于如何在升级时避免此问题的好主意。我不是在升级 R，但 Dirk Eddelbuettel 建议不要在 R 的文件树中安装包是明智的。
答：
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IRTFM
8/21/2011
#1
选项 #3（将旧库复制到新库）应该可以工作......但是，当且仅当您随后运行：
update.packages(checkBuilt=TRUE)
以这种方式，需要为新版本重建的包将得到更新。通常情况下，新版本会添加要求（例如 2.14.x 中即将对 NAMESPACE 提出的要求）。
编辑：看到这只是在躺椅上移动......如果您要移动任何基本 R 安装，我将放弃认可 #3。它在 Mac 中对我有用，但我在 R 安装和管理指南或 R 常见问题解答中没有看到它应该工作的承诺。您可以通过以下顺序完成 #1（在各种条件下可能是最安全的）：
# In original installation, get the non-default package list:
save.pkg.list <- installed.packages()[is.na(installed.packages()[ , "Priority"]), 1]
save(save.pkg.list, file="pkglist.Rdata")
# If you want to use remove.packages() at this point it's fine.
# Or just delete their directories.
使用新安装的 R 版本，其中包含 .Libpaths 设置为您的首选项（甚至是相同的旧安装）：
load("pkglist.Rdata")
install.packages(save.pkg.list)
如果未更改 R 可执行文件，则仅将包移动到新库可能会成功（假设您还更改了 .Libpaths），但我没有 Linux 安装来测试它，也不知道配置操作设置的任何指针会受到怎样的影响。
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Iterator
8/21/2011
谢谢，这很有趣。您能澄清 3 件事吗：（1） 在“需要为新版本重建”中提到的版本，指的是 R，对吗？（2） 如果 （1） 是正确的，那么如果包不需要重建（即它比当前版本的 R 旧）会发生什么？（3）当你说“如果”和“仅”时，我将其解释为“必要”和“充分”条件......你真的是这个意思吗？:)如果是这样，那么我可能会遗漏一些关于为什么会这样的东西。我不是不同意，但这个选项对我来说是新的，我还没有掌握其中的逻辑。
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IRTFM
8/21/2011
（1） Yes.eg 从 R 2.13.x 到 R 2.14.x 的更改，其中 x 可以是 0、1 或 2。据我了解，简单的行为复制可能会导致新的主要版本的功能包，例如从 2.13 更改为 2.14，但绝不能保证。所以我可能太绝对了。“应该工作”意味着将对版本上的包依赖关系进行检查，如果您不执行 update.packages，则不会运行任何检查。
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Iterator
8/21/2011
但是，如果我只移动目录而不升级 R，那么这会有什么好处吗？
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Iterator
8/22/2011
换一种说法：如果没有互联网连接，那么这种方法似乎有问题。选项 #3 不需要互联网连接，但 #1 需要。但是，我现在意识到，如果我重新安装或大规模更新，我可能会通过保留所有源代码而受益。
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Iterator
8/23/2011
这听起来像是最安全的解决方案。此外，当我保存包源时，我可以提高所有内容可复制的可能性。
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Rodrigo Coelho
11/20/2019
#2
将公认的答案与这个答案相结合，我找到了一个更简单的解决方案：
lib_loc <- "C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
to_install
remove.packages(to_install, lib="C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3")
install.packages(pkgs = to_install, lib="C:/Program Files/R/R-3.6.1/library")
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