来自 adehabitatLT：：as.ltraj（） 的错误，因为日期不是类 POSIXct，但 str（dates） 表示它们是 POSIXct

Error from adehabitatLT::as.ltraj() because dates are not class POSIXct but str(dates) indicates they are POSIXct

提问人：Kevin 提问时间：8/29/2023 更新时间：8/29/2023 访问量：34

问：

adehabitatLR：：as.ltraj（） 函数计算动物的轨迹。该函数要求日期为类 POSIXct。我使用我在网上找到的播放数据集，在帮助文档的示例部分中执行了相同的步骤，并将日期时间转换为 POSIXct 日期，但在运行该函数时仍然出现以下错误

adehabitatLT：：as.ltraj（xy = xy[id == “17”， ]， date = date[id == ： 对于类型为 II 的对象，日期应为类 “POSIXct”

这是我正在做的事情......

library(tidyverse)
library(lubridate)
library(rio)
library(sp)
library(adehabitatLT)

#import elk collar data
data<-import("https://www.sciencebase.gov/catalog/file/get/59d90ceee4b05fe04cc9b0f2?f=__disk__a8%2F84%2Fa6%2Fa884a68596e8ed85b6b956119db0f1fffc4e960c")
glimpse(data)
#following example: convert date-time to posixct, and ID to character
elk<-data%>%mutate(date=as.POSIXct(strptime(Date_Time_MST,"%m/%d/%Y",tz="US/Mountain")))%>%mutate(AID=as.character(AID))
#get id vector
id<-elk%>%dplyr::select(AID)
#get xy data
xy<-elk%>%dplyr::select(Easting, Northing)%>%coordinates()%>%as.data.frame()
#get dates
date<-elk%>%dplyr::select(date)%>%as.data.frame()
str(date)
#get trajectories for AID 17
tr<-adehabitatLT::as.ltraj(xy=xy[id=="17",],date=date[id=="17"], id="17")
R posixct adehabitathr

评论

0赞 r2evans 8/29/2023
你是一个数据帧，不要把一列的帧误认为是类的向量，它们不等价。我不知道你为什么要把东西从你的框架中打破，我可能会做一些类似的事情（或类似的事情......我也没有那个包，但前提应该有效）。datePOSIXctPOSIXcttr <- with(elk[elk$id=="17",], as.ltraj(xy=xy, date=date, id="17"))

答：

1赞 r2evans 8/29/2023 #1

你的对象不是类的，它是一个 .不要将具有一列的帧（恰好是）等效的函数误认为是向量。datePOSIXctdata.framePOSIXctPOSIXct

此外，我认为没有理由将其分解为单独的向量，这为不一致的索引等留下了空间。我建议这样：

elk <- data %>%
  mutate(date = as.POSIXct(Date_Time_MST, format = "%m/%d/%Y", tz  ="US/Mountain"))) %>%
  mutate(AID = as.character(AID))

tr <- with(elk[elk$AID == "17",],
           as.ltraj(xy = coordinates(cbind(Easting, Northing), date = date, id = AID))

如果您要对多个（甚至所有）进行一次调用，并希望将其自动化，则可以生成一个列表列（保存以供以后使用），其内容如下：idelk

elk_with_tr <- elk %>%
  filter(id %in% c("17", ...)) %>%        # some other IDs of interest to you
  mutate(
    tr = Map(as.ltraj, xy=coordinates(cbind(Easting, Northing)), date=date, id=AID)
  )

这个新框架将有一个以所有结果命名的 -列。listtr

评论

1赞 Kevin 8/29/2023
谢谢，这很有帮助。我最终遇到了其他错误（例如，xy 在麋鹿中不存在），但最终我想我解决了它......麋鹿1<-麋鹿%>% dplyr：：select（AID，Easting， Northing， date）%>% distinct（）%>% nest（data=-AID）%>% mutate（traj=map2（AID，data，~as.ltraj（xy=data.frame（x=.y$Easting， y=.y$Northing），date=.y$date，id=.x）））
1赞 r2evans 8/29/2023
哎呀，对了，你是两列，我赶紧过来，做错了......为清楚起见进行编辑，对此感到抱歉......xy

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