在 linux 下使用旧版本的 R 包的安全方法-解网

问：

有时我需要在 R 中运行前段时间编写的旧代码，这些代码使用的包版本与我现在使用的当前 R 版本不同。当我不需要使用当前软件包的新功能更新和更正脚本，而只需要检查这些脚本的结果时，更安全的方法是什么？直到知道，我发现了两种可能性。

安装多个 R 版本及其关联的“旧”包，并根据需要从一个版本转移到另一个版本（如果可能的话），可能是从 rstudio 开始的。
只有一个 R 版本（假设这将是一个相对较新的版本）并在需要时使用旧包，以防这不会因将旧包与较新版本的 R 一起使用而遇到依赖项问题。

第一种选择对我来说是一场彻底的灾难，因为我试图以不同的方式安装其他版本的 R，还必须“调整”我的 debian 发行版（靶心）以接受最新的 R 版本，它变得不稳定，最后我不得不格式化我的 PC。相关问题这里和这里，但在尝试建议的解决方案之前，我想知道是否存在其他选择。因此，我将不胜感激有关使用旧包/函数运行旧脚本的更简单、更安全的方法的任何见解。

已弃用的 R-Package 多个版本

Andres，Dirk 的建议是一个明确的路径：设置一个 lib-path（对于你想要的任何版本的 R），其中包含当时的包版本。这实际上就是这样。我认为从 now 开始有一个复杂的问题，即默认情况下它会安装今天最新的软件包，这不是您想要的起点;为此，我认为 Poset 的包管理器将允许您安装在特定日期最新的包，这允许您进行选择，尽管我认为它们可以追溯到多远是有限制的。renvrenv

1赞 Konrad Rudolph 11/9/2023

@r2evans啊，这是最新版本中的新功能，对吧？是的，这可能有效。（编辑：等等，我的意思是回复本，而不是你;但我认为“renv”现在也有这个。

1赞 r2evans 11/10/2023

是的。转到我上面提供的链接，查找“设置”按钮并单击它。它将引导你在 RStudio 中完成设置。（仅仅因为商业产品支持包管理器（PM）并不意味着 PM 需要商业客户端。

答：

1赞 Dirk Eddelbuettel 11/9/2023 #1

通过利用 R 使用不同库路径的能力，这非常有效。您可以通过以下方式轻松设置这些设置。.libPaths()

举个具体的例子，我碰巧喜欢使用 6.0.1 版。所以我把它放在一个我的“正常”R 安装不知道的目录中。在帮助程序脚本中（因为我也喜欢从命令行使用它），然后我这样做roxygen2

if (dir.exists("~/.R/cache/roxygen2")) {
    cat("** Using cached version 6.0.1 of roxygen2.\n")
    .libPaths("~/.R/cache")
}

## load roxygen
library(roxygen2)

在存在该目录的计算机上，它将以库路径为前缀，并且在此会话中使用较旧的 roxygen 版本。

你可以很容易地概括这一点。我们这样做是为了持续集成和其他用例。

另一个例子是，例如，我使用提供，因为它有自己的库路径（这样我就可以在编译包后跟系统路径（这样我就不必重建所有包）：r-develr-devel

$ RD -q -e '.libPaths()'
> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R-devel/lib/R/library" 
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"       
> 
$

非常感谢 @Dirk-Eddelbuettel 的回复。我喜欢这个建议，并正在尝试一下。我成功地更改了 .libPaths（）的值，以便当我安装旧软件包时，例如。install.packages（“url_to_old_package”， repos = NULL， type = source），新包会转到我的新自定义目录，例如“/home/andres/R/my_new_folder”。但是我想知道当软件包依赖于其他需要安装的软件包时，是否一切都保持整洁。R o rstudio 是否知道选择这些包的哪个版本来保持所有旧包之间的兼容性？

0赞 Dirk Eddelbuettel 11/10/2023

RStudio 运行与你相同的 R 解释器，因此你需要找到一种方法来调整和重新调整 .也许在充当包装器的调用函数中。这取决于你。依赖关系以通常的方式得到解决：通过查看整体，因此它们必须位于“某个地方”，也许在您的新目录中。我主要说明了 R 已经可以做到这一点的基本方法，其他包（例如）也利用了（据我所知）。.libPaths().libPaths()renv

0赞 Andres 11/11/2023

谢谢德克。目前，您建议在不同的目录中安装旧软件包，使用 .libPaths（） “播放”，甚至在 install.packages（）中指定目标文件夹，效果很好。

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在 linux 下使用旧版本的 R 包的安全方法

A safe way to use older versions of an R package under linux

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