R 错误：需要 TRUE/FALSE 的地方缺少值

问：

我有一个 300+ 对齐的 COI 序列的 phylip 格式文本文件。我正在尝试将序列压缩成单倍型，以便使用朋友编写的 R 脚本进行分析。我遇到麻烦的部分是程序将每个序列与以下序列进行比较，并确定它们是否相差超过 N 个字符。它将在抛出以下错误之前运行前几个序列：

`Error in if (dif.nuc1[p] == "N" | dif.nuc2[p] == "N") { : missing value where TRUE/FALSE needed`

对齐中没有间隙，因此不需要管理 N/A 数据。

知道问题是什么和/或如何解决它吗？或者，任何关于巩固单倍型计划的建议也将不胜感激。

先谢谢你。

下面是控制台输出：

>       if (sum(dif.nuc1=='N')==0 & sum(dif.nuc2=='N')==0){       
+       } else if (length(dif.nuc1)!=0){
+         counter<- 0
+         for (p in 1:length(dif.nuc1)){       
+           cat('p is', p, '\n')
+           if (dif.nuc1[p]== 'N'| dif.nuc2[p]== 'N'){
+             counter<- (counter + 1)
+           }
+         }  
+         if (counter == length(dif.nuc1)){        
+           hap.equiv<- c(hap.equiv, paste('Hap_', m, ' == Hap_', n, '  ', sep=''))
+         }
+       }
Error in if (dif.nuc1[p] == "N" | dif.nuc2[p] == "N") { : 
missing value where TRUE/FALSE needed

我尝试通过以下方式修改代码来管理 N/A 数据，但没有解决问题。

if (dif.nuc1[p] == 'N' | dif.nuc2[p] == 'N' | is.na(dif.nuc1[p]) | is.na(dif.nuc2[p])) {

if (sum(dif.nuc1 %in% c('N', 'NA')) == 0 & sum(dif.nuc2 %in% c('N', 'NA')) == 0) {
          } else if (length(dif.nuc1)!=0){
            counter<- 0
            for (p in 1:length(dif.nuc1)){
              cat('p is', p, '\n')
              if (dif.nuc1[p]== 'N'| dif.nuc2[p]== 'N'){
                counter<- (counter + 1)

我还仔细检查了我的数据，以确保没有歧义代码，也没有导致 NA 数据的间隙