比较单个列表中的字符串的最有效方法

问：

因此，我有一个包含超过 500 万个哈希值的文本文件，并被要求找到一对具有最常见字符的哈希值。字符必须在同一索引处匹配。

例如：

哈希值 1 = B79F56435...

哈希值 2 = B79123456...

结果 = 4 个匹配字符

*每个哈希总共包含 64 个十六进制字符

我开始用 Python 解决这个问题，但显然花了很长时间，所以我转向了 java，这大大加快了这个过程。这是我目前的代码：

我将哈希的文本文件导入到字符串的 ArrayList 中：

ArrayList<String> hashes = new ArrayList<>(); 

我比较 ArrayList 中每个 String 的主要方法

String winner1 = "", winner2 = "";
int count = 0, n = hashes.size();

for(int i = 0; i < n; i++) 
{
    s1 = hashes.get(i);             
    for(int j = i+1; j < n; j++) 
    {
        s2 = hashes.get(j);
        int temp = countComparisons(s1, s2);
        if(temp > count) 
        {
            count = temp;
            winner1 = s1; winner2 = s2;
        }
     }
}

这是我计算哈希值之间比较的方法：

public static int countComparisons(String s1, String s2)
{
    int x = 0;
    for(int i = 0; i < 64; i++) 
    {
        if(s1.charAt(i) == s2.charAt(i))
            x++;
    }       
    return x;
}

现在，将这些哈希值单独相互比较将等于 12 万亿个组合，因此显然需要很长时间，但我只是想看看是否有人可以对这段代码进行任何改进。

我完全愿意接受任何关于如何改进的建议。

它也不一定非得是 java 语言，任何关于使用最佳数据结构的建议都会很棒。我只是选择了 ArrayList，因为它很容易从文本文件导入。

我发现很难找到针对此特定情况的比较算法，因此，如果有人向我指出与此相关的任何内容，那也将非常有用。

谢谢