提问人:Asda 提问时间:10/24/2012 最后编辑:HenrikAsda 更新时间:10/4/2020 访问量:458873
根据列中的部分字符串匹配选择数据框行
Selecting data frame rows based on partial string match in a column
问:
我想根据列中字符串的部分匹配从数据框中选择行,例如列“x”包含字符串“has”。使用 - 如果它有语法 - 我会做这样的事情:sqldf
like
select * from <> where x like 'hsa'
.
很遗憾,不支持该语法。sqldf
或类似:
selectedRows <- df[ , df$x %like% "hsa-"]
这当然是行不通的。
有人可以帮我解决这个问题吗?
答:
212赞
A5C1D2H2I1M1N2O1R2T1
10/24/2012
#1
我注意到您在当前的方法中提到了一个函数。我不知道这是否是对来自“data.table”的引用,但如果是,您绝对可以按如下方式使用它。%like%
%like%
请注意,对象不必是 a(但也要记住,s 和 s 的子集方法并不相同):data.table
data.frame
data.table
library(data.table)
mtcars[rownames(mtcars) %like% "Merc", ]
iris[iris$Species %like% "osa", ]
如果这就是你所拥有的,那么也许你只是混淆了子集数据的行和列位置。
如果您不想加载包,可以尝试使用 来搜索您正在匹配的字符串。下面是数据集的一个示例,其中我们匹配行名包含“Merc”的所有行:grep()
mtcars
mtcars[grep("Merc", rownames(mtcars)), ]
mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb
# Merc 240D 24.4 4 146.7 62 3.69 3.19 20.0 1 0 4 2
# Merc 230 22.8 4 140.8 95 3.92 3.15 22.9 1 0 4 2
# Merc 280 19.2 6 167.6 123 3.92 3.44 18.3 1 0 4 4
# Merc 280C 17.8 6 167.6 123 3.92 3.44 18.9 1 0 4 4
# Merc 450SE 16.4 8 275.8 180 3.07 4.07 17.4 0 0 3 3
# Merc 450SL 17.3 8 275.8 180 3.07 3.73 17.6 0 0 3 3
# Merc 450SLC 15.2 8 275.8 180 3.07 3.78 18.0 0 0 3 3
再举一个例子,使用数据集搜索字符串:iris
osa
irisSubset <- iris[grep("osa", iris$Species), ]
head(irisSubset)
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
# 2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
# 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
# 4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
# 5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
# 6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa
对于您的问题,请尝试:
selectedRows <- conservedData[grep("hsa-", conservedData$miRNA), ]
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nico
10/24/2012
+1:另请注意,它支持正则表达式,因此您可能需要改用 grep for。grep
^hsa-
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Stephan Kolassa
10/25/2012
@nico:其实它来源于ed命令g/re/p(全局/正则表达式/print),它只向正则表达式大师透露了它的真正威力-fu ;-): en.wikipedia.org/wiki/Grepgrep
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nigus21
2/13/2020
@A5C1D2H2I1M1N2O1R2T1 很好的答案!有没有办法使用 %like% 来搜索同时出现的两个字符串(例如在数据帧的一行中出现的“pet”和“pip”作为“peter piper”)?
23赞
user1609452
10/24/2012
#2
LIKE
应该在SQLite中工作:
require(sqldf)
df <- data.frame(name = c('bob','robert','peter'),id=c(1,2,3))
sqldf("select * from df where name LIKE '%er%'")
name id
1 robert 2
2 peter 3
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Suat Atan PhD
1/12/2017
SQLDF 最适合列出。但是,它不能删除行。
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rgalbo
3/28/2017
为什么这里加载了 R 包require()
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bartektartanus
8/18/2017
因为它不是标准的 R 库,你必须手动安装它,然后使用函数加载。require
97赞
Sam Firke
7/7/2015
#3
尝试从 stringr 包中尝试,该包检测字符串中是否存在模式。str_detect()
下面是一种方法,它也包含管道和 dplyr 包:%>%
filter()
library(stringr)
library(dplyr)
CO2 %>%
filter(str_detect(Treatment, "non"))
Plant Type Treatment conc uptake
1 Qn1 Quebec nonchilled 95 16.0
2 Qn1 Quebec nonchilled 175 30.4
3 Qn1 Quebec nonchilled 250 34.8
4 Qn1 Quebec nonchilled 350 37.2
5 Qn1 Quebec nonchilled 500 35.3
...
这将筛选示例 CO2 数据集(随 R 一起提供)的行,其中 Treatment 变量包含子字符串“non”。您可以调整是查找固定匹配项还是使用正则表达式 - 请参阅 stringr 包的文档。str_detect
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Bemipefe
4/18/2019
您也可以像这样使用 trc_detect 函数myDataFrame[str_detect(myDataFrame$key, myKeyPattern),]
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Martin
8/20/2021
@Bemipefe你不是说str_detect函数而不是trc_detect吗?
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Bemipefe
8/22/2021
@Martin 是的,你是对的。这是一个错别字。
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AlexB
10/4/2020
#4
另一种选择是简单地使用函数:grepl
df[grepl('er', df$name), ]
CO2[grepl('non', CO2$Treatment), ]
df <- data.frame(name = c('bob','robert','peter'),
id = c(1,2,3)
)
# name id
# 2 robert 2
# 3 peter 3
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dput(head(conservedData))