Slurm 错误：saveRDS（fit， paste（“outputs3/fit_”， mod， “.rds”， sep = “”））中的错误：写入连接时出错

Slurm Error: Error in saveRDS(fit, paste("outputs3/fit_", mod, ".rds", sep = "")) : error writing to connection

提问人：megsruppUNBC 提问时间：11/12/2023 最后编辑：megsruppUNBC 更新时间：11/12/2023 访问量：21

问：

我有一个正在尝试运行的批处理脚本。我对原始脚本进行了一些更改（成功运行并保存），因此我想重新运行模型并保存到不同的输出文件夹。我现在在某些模型中出现以下错误，但在其他模型中没有。大约一半的模型成功保存，其他模型显示此错误，并且模型对象的尺寸非常小，保存的信息很少。

    Error in saveRDS(fit, paste("outputs3/fit_", mod, ".rds", sep = "")) :
      error writing to connection

错误似乎不在文件路径本身中，因为某些模型已成功保存。似乎这个错误也发生在保存对象的中途，因为对象仍然显示在文件夹中，但与完整的模型输出对象相比，它们的大小为 0B 或非常小。

为什么会选择性地发生此错误？会不会是权限问题？还是存储配额有问题？

集群计算 slurm

0赞 Poshi 11/12/2023

您确定这是 SLURM 问题吗？

0赞 frymaster 11/14/2023

您的标题显示“Slurm Error”，但 saveRDS 似乎是一个 R 函数。您建议这可能是配额或权限问题，这可能是一个问题，但这将是一个文件系统问题，而不是一个诽谤问题。如果提供有关 R 程序和环境的更多详细信息，可能会得到更好的答案

0赞 megsruppUNBC 11/15/2023

@frymaster @Poshi抱歉，我正在尝试使用集群运行脚本，但我不是术语专家。当我使用nano slurm-jobid.out

0赞 megsruppUNBC 11/15/2023

再看一下，似乎它只发生在最后 6 个左右试图保存到文件夹的作业上。saveRDS 是失败的 R 函数，它会导致作业终止，退出代码为 1。我正在尝试确定为什么 saveRDS 适用于批处理中的某些作业，而不适用于其他作业。

答： 暂无答案