用于处理 storange 和匹配大量基因组字符串序列的对象

Object to handle storange and matching large set of genomic string sequences

提问人:Yuriy Grabovsky 提问时间:2/15/2023 更新时间:2/15/2023 访问量:17

问:

我在 R 工作。

我有一大组 20 个核苷酸的 DNA 序列串(~6000 万个)。目前,我只是将它们保存在字符串矩阵中。

我需要能够尽可能有效地将它们存储在内存中,能够匹配序列并计算每个字符串序列出现的次数,重要的是,能够将多个字符串关联并存储到一个或多个字符串。

我想知道是否有人可以建议一个适用于某些(/全部)功能的正式对象类?

r 数组字符串 匹配 大数据

评论

0赞 benson23 2/15/2023
你可以看看箭头包

答: 暂无答案