提问人：Cynthia 提问时间：10/30/2023 更新时间：11/9/2023 访问量：22
'--dependendy=aftercorr：Submitted' slurm 选项无法识别
'--dependendy=aftercorr:Submitted' slurm option unrecognized
问：
我有一个脚本可以在 slurm 中运行。该脚本适用于 job-array aftercorr，或者至少这是我希望它做的事情。基本上，它运行第一个 Job-array 没有任何问题，但是，它无法识别命令 --dependendy=aftercorr。我对 slurm 很陌生，你能帮我理解这个错误的原因吗？是否由于操作系统没有可用的命令而导致错误？或者我的脚本中出现错误？
以下是 bash 脚本的主行，然后是我收到的错误。
$ArrayAID=$(sbatch --array=1-5 Job_0.sh)
echo "Job-Array (script_0) id: ${ArrayAID}"
sbatch --array=1-5 --dependendy=aftercorr:$ArrayAID Job_1.sh
输出：
sbatch: unrecognized option '--dependendy=aftercorr:'
Try "sbatch --help" for more information
辛西娅
我尝试在交互模式下运行它，并在 bash 中搜索 --help，但它的信息量不是很大。我也想看看互联网上有什么，但我仍然没有。
答：
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damienfrancois
10/30/2023
#1
您始终如帖子中的拼写。我假设这是仅存在于 StackOverflow 消息中的拼写错误。--dependency--dependendy
输出
$ArrayAID=$(sbatch --array=1-5 Job_0.sh)
将包含作业 ID 的位置，并将扩展为 。因此，下一行将读作类似ArrayAIDSubmitted job XXXXXXXXXX$ArrayAIDSubmitted
sbatch --array=1-5 --dependendy=aftercorr:Submitted Job_1.sh
这是一个错误，因为 Slurm 需要的是作业 ID 而不是“已提交”一词。
将选项添加到第一个：--parsablesbatch call
$ArrayAID=$(sbatch --parsable --array=1-5 Job_0.sh)
使用该选项，将仅输出作业 ID（以及集群名称（如果存在;在这种情况下，您将不得不进一步调整该行）并包含预期的作业 IDsbatchArrayAID
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Cynthia
10/30/2023
多亏了@damienfrancois，我错过了捕获 ArrayAID 的可解析选项。:)
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damienfrancois
11/3/2023
如果您觉得这回答了您的问题，请考虑接受它 谢谢
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Cynthia
10/30/2023
#2
感谢您的迎新。我将能够通过在“sbatch command”中添加“–parsable”选项来解决这个问题，使用此选项将返回作业 ID，其值可以存储在 shell 变量中以供以后使用。
因此，在下面的第一行中，我将分配给 slurm 管理器的相应作业数组 ID 存储在 ArrayAID 变量中，因为我请求从索引 1 到 5 的 5 个任务 （--array=1-5），我将按任务获得一个作业数组 ID。
然后，在第 4 行，我正在评估依赖项的类型，在本例中，我设置了只有在相关作业成功完成后才能提交下一个作业的条件。该条件有很多选项，因此您需要检查想要拥有哪种依赖项。
我编写了一些带有示例的脚本，解释了有关作业数组依赖项的更多详细信息，请随时探索或让我知道与此存储库相关的任何内容。我对此也很陌生。
https://github.com/cyntsc/Slurm_dependecies
问候 CSC公司
以下是新行：
ArrayAID=$(sbatch --parsable --array=1-5 Job_0.sh)
echo "Job-Array. ID: ${ArrayAID}"
echo ""
sbatch --array=1-5 --dependency=aftercorr:${ArrayAID} Job_1.sh
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