在特定目录中使用 conda 环境

Using conda environment at a specific directory

提问人:sonido 提问时间:11/13/2023 更新时间:11/15/2023 访问量:49

问:

作为一个研究小组,我们希望使用一个通用的 conda 环境,我们将在其中安装通用软件包。我们想在集群/超级计算机中做到这一点。

我找不到任何关于我们如何使用特定目录中的环境的信息,换句话说,我们如何激活特定目录中的环境。 提前致谢。

python conda 虚拟环境

评论

0赞 wjandrea 11/13/2023
你读过文档吗?“要激活环境:conda activate myenv 将 myenv 替换为环境名称或目录路径。”- 管理环境 § 激活环境
1赞 sonido 11/13/2023
是的,我想我错过了。谢谢!

答:

0赞 merv 11/15/2023 #1

共享(集中式)命名环境的提示

我在计算生物学课程中为学生提供共享环境,其中大多数作业都涉及使用 HPC。一些建议:

  1. 为共享环境创建一个专用文件夹(例如 )。对于班级,此文件夹仅供学生使用;对于一个研究小组,这取决于你,但我仍然会做同样的事情,并让一个人负责创建新环境的实验室工作,他具有写入权限(可能是你)。/shared/conda_envsr-x

  2. 让用户将文件夹添加到 Conda 配置中。这应该被追加,所以他们不默认在那里创建环境:

    conda config --append envs_dirs /shared/conda_envs
    

    这允许用户按名称而不是前缀引用环境。

  3. 在复制模式下创建环境。这样可以避免任何链接回创建用户的包缓存。

    CONDA_ALWAYS_COPY=1 mamba env create -f env1.yaml -p /shared/conda_envs/env1