坐标为 skeleton_to_csgraph 的错误（python）-解网

问：

我正在使用 skeleton-to-csgraph（）来分析我获得的骨架，这个函数应该会发回一些数据，其中，矩阵 [（N+1） x 2] 中骨架所有点的所有坐标，点数为 N。但是，有一种情况是，此函数无缘无故地给了我一个带有一些错误的坐标矩阵。有人知道错误可能来自哪里吗？

有关函数和软件包的更多信息，请访问：https://jni.github.io/skan/

由 skeleton-to-csgraph 函数给出的坐标矩阵的线。在第 326 行处出现无法解释的错误，它应该是 int 而不是浮点值，因为它是一个像素索引

使用 Grid，则为 int32 [200,100] 的 NDarray，值为 1 或 0。此链接中的文件： https://drive.google.com/drive/folders/12xwZBv3RKQ4Q802jXPAhtYZXHrsMytMl?usp=sharing

skeleton, distance = medial_axis(grid, return_distance=True)
graph, coordinates, degrees = skeleton_to_csgraph(skeleton)

就像在图片上一样，我没有得到一个坐标的整数值

python 协调错误报告

import numpy as np
from skimage.morphology import medial_axis
from skan import skeleton_to_csgraph
from skan import _testdata
from skan import draw
from matplotlib import pyplot as plt
grid = np.load('grid.npy') # this is the file you shared through google drive

skeleton, distance = medial_axis(grid, return_distance=True)
graph, coordinates, degrees = skeleton_to_csgraph(skeleton)
fig, ax = plt.subplots()
draw.overlay_skeleton_networkx(graph,coordinates, image=skeleton,axis=ax)

fig, ax = plt.subplots()
draw.overlay_skeleton_2d(grid, skeleton, dilate=1, axes=ax);

完整的代码屏幕快照

你能看看你的坐标矩阵线 325 吗？因为它在那里，我有 2 个我不应该拥有的值（不是整数的值）！我也能够运行和绘制它，但奇怪的是，我们在坐标矩阵中没有整数值，我们应该只有整数，因为它指的是矩阵中的位置，所以如果我想操作这个数据（坐标），我不能由于这个错误

0赞 simpleApp 5/10/2021

这些值（float - [115.33333333 11.33333333]）基于网格。如果要重写它，可以执行，然后将其馈送到下一个处理中。coordinates[325]=[115,11]

0赞 Eloi Schlegel 5/10/2021

我有一个解决方案来克服这个问题，那就是： a = np.where（skeleton == 1 ） / b = np.array（[a[0]， a[1]]）.transpose（） / coordinates = np.vstack（（[0,0]，b）） / 但我们同意该函数有问题！它不应该返回浮点值

0赞 simpleApp 5/10/2021

伟大！由于这是 SKAN 的 lib，请查看您是否可以与 lib 的作者一起记录问题。

0赞 Eloi Schlegel 5/11/2021

我拭目以待。感谢您的时间和确认。:)

0赞 Eloi Schlegel 5/11/2021 #2

在某些特定情况下，它接缝了功能存在问题。但为了克服此错误，以下代码提供了您应该具有的结果：skeleton-to-csgraph()

a = np.where(skeleton == 1 )
b = np.array([a[0], a[1]]).transpose()
coordinates = np.vstack(([0,0],b))

使用 skeleton，带有骨架图像和坐标的 numpy 数组，您应该获得的结果包含骨架点的所有坐标。skeleton-to-csgraph()

0赞 Juan 5/14/2021 #3

您遇到的问题是因为 skan 需要将交汇点像素折叠到它们的质心中才能生成连贯的图形。有关详细信息，请参阅 https://doi.org/10.7717/peerj.4312/supp-2。很抱歉，这没有更好的记录。我提出了一个问题来改进它：

https://github.com/jni/skan/issues/121

这个问题也与此有关：coordinates 数组包含所有节点坐标，但也包含一些垃圾坐标：

https://github.com/jni/skan/issues/108

欢迎在 github 上继续讨论！🙏

也很正常，只是不太正常 😂 基本上，每个节点 ID 都有一个坐标......但也有折叠像素的“剩余”坐标。有时，折叠坐标和“摘要”坐标匹配。我们将来会尝试通过删除“垃圾”坐标来解决这个问题。但规则是：您应该只查看节点 ID 中的坐标数组。不能保证该数组中的所有坐标都是“真实的”。

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坐标为 skeleton_to_csgraph 的错误（python）

Error with coordinates of skeleton_to_csgraph (python)

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坐标为 skeleton_to_csgraph 的错误 （python）

Error with coordinates of skeleton_to_csgraph (python)

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坐标为 skeleton_to_csgraph 的错误（python）