计算一维数组所有可能切片的平均值

Calculation of average of all possible slices of 1d-array

提问人:FuS 提问时间:3/3/2023 更新时间:3/3/2023 访问量:36

问:

我有一个(大的)一维测量数据数组。我想计算由开始索引和停止索引定义的每个可能切片的平均值。就像在我的数据的两端进行切割,并平均每一个可能的切割。 结果应存储在正方形 2D 数组中(实际上是一个三角形,因为起始索引必须小于停止索引)。

使用循环是有效的,但需要很长时间。

有没有办法加快速度?

我有这个代码:

N = 5
data = np.arange(N)  # example
av = np.zeros((N, N))
for i in range(av.shape[0]):
    for j in range(av.shape[1]):
        av[j, i] = np.mean(data[i:j+1])

这可行,但需要很长时间。对于类似的计算(元素的差异而不是切片的平均值),我找到了这个非常快速的解决方案:

dist = np.subtract.outer(data, data)

但是我没有弄清楚如何用切片的平均值来做到这一点。

numpy 切片 平均值

评论


答:

0赞 mozway 3/3/2023 #1

一个带有求和的选项,然后除以项目数:

a = np.arange(len(data))

av = (np.tril(np.repeat(data[:,None], len(data), axis=1)).cumsum(axis=0)
     /np.tril((a[:,None]-a+1))
     )

输出:

array([[0. , nan, nan, nan, nan],
       [0.5, 1. , nan, nan, nan],
       [1. , 1.5, 2. , nan, nan],
       [1.5, 2. , 2.5, 3. , nan],
       [2. , 2.5, 3. , 3.5, 4. ]])

中间体:

# repeat data to square shape and keep lower triangle
np.tril(np.repeat(data[:,None], len(data), axis=1))
array([[0, 0, 0, 0, 0],
       [1, 1, 0, 0, 0],
       [2, 2, 2, 0, 0],
       [3, 3, 3, 3, 0],
       [4, 4, 4, 4, 4]])

# get the cumulated sum
[…].cumsum()
array([[ 0,  0,  0,  0,  0],
       [ 1,  1,  0,  0,  0],
       [ 3,  3,  2,  0,  0],
       [ 6,  6,  5,  3,  0],
       [10, 10,  9,  7,  4]])

# compute the divider
a = np.arange(len(data))
array([0, 1, 2, 3, 4])

np.tril((a[:,None]-a+1))
array([[1, 0, 0, 0, 0],
       [2, 1, 0, 0, 0],
       [3, 2, 1, 0, 0],
       [4, 3, 2, 1, 0],
       [5, 4, 3, 2, 1]])

性能

一个是 1000 整数输入 (data = np.arange(1000))

# nested for loop
6.28 s ± 142 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 1 loop each)

# vectorized numpy
12.3 ms ± 427 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)

评论

1赞 FuS 3/3/2023
我印象深刻......谢谢你的教训。