R list path 命令仅返回部分文件，而不是全部文件

问：

我正在努力分析 R 中的一些 fastq 文件，以便进行 16 秒的工作。我以前有一个以前成功做过这件事的人的脚本，但是当我这样做时：

path_1 <- "set to my WD"

然后去获取路径中的文件列表

list.files(path_1)

204 人中只有 33 人被归还。但是，当我这样做时：

list.files(all.files=TRUE)

我的所有文件都显示出来了。我不确定我是否可以继续进行分析。我知道接下来的步骤它不起作用。我使用下面的命令对它们进行排序，只得到其中的 15 或 16 个显示为已排序。

Fs_1 <- sort(list.files(path_1, pattern="_R1_001.fastq.gz", full.names = TRUE))
Rs_1 <- sort(list.files(path_1, pattern= "_R2_001.fastq.gz", full.names = TRUE))

我想知道为什么我的所有文件都没有显示，因为这似乎影响了我的下游工作流程。我希望我的所有 204 个文件都能出现并正确排序，以便我可以继续我的分析。list.files(path_1)

例如，这是

# found:
CF10_S9_L001_R1_001.fastq.gz
CF10_S9_L001_R2_001.fastq.gz

# not found:
CF8_S7_L001_R1_001.fastq.gz
CF8_S7_L001_R2_001.fastq.gz