运行用于 fastqc 分析的多个 fastq 文件-解网

问：

我将为文件夹中的多个 fastq 文件运行以下代码。在一个文件夹中，我有不同的fastq文件;首先，我必须读取一个文件并通过激活 miniconda 执行所需的操作，然后将结果存储在单独的文件中。fastq，然后读取第二个文件，执行相同的操作，并使用 bash 脚本和 python 脚本将结果保存在新的第二个 file.fastq 中

#!/bin/bash

# directory of with mutiple fastq files#
FILES= " /home/folder/sample"

for f in $ FILES

do 
  conda activate FAST_qc    # actibvating the miniconda
  echo "Process the file $f
  mkdir "$f"                # making directory
  fastqc "$f"               # task to perform
done

Bash Shell FastQ 谷歌基因组学

运行用于 fastqc 分析的多个 fastq 文件

Run of Mutiple fastq files for fastqc analysis

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