读取 fastq 文件并计算有多少碱基具有 Phred 碱基读取质量

Reading a fastq file and calculating how many bases have Phred base read quality

提问人:Victoria 提问时间:4/8/2023 最后编辑:Victoria 更新时间:4/9/2023 访问量:63

问:

我需要帮助用 Python3 解决以下问题:
编写一个读取 fastq 文件的 Python 程序,并计算有多少碱基的 Phred 碱基读取质量为零,介于 1 和 10(含)、11 和 20、21 和 30、31 和 40 之间,以及 40 以上。

我从以下方面开始:

def decode(c):
    return ord(c) - 33

letters = "II93882$%@%%@"

values = map(decode, letters)
values = list(values)

print (values)

我正在尝试找到一种方法来使我的最终结果如下所示:

Base quality zero: XXX bases

Base quality 1-10: YYY bases

Base quality 11-20: ZZZ bases

Base quality 21-30: QQQ bases

Base quality 31-40: RRR bases

Base quality above 40: SSS bases
Python FastQ

评论

0赞 Poshi 4/8/2023
问题是......?
0赞 Victoria 4/9/2023
代码生成值,但如何以上述格式打印它们?
0赞 Victoria 4/9/2023
这就是我已经开始的,但我得到了一个错误的值 b .a = values=0 print(“基本质量零:”, a, “bases”) b = values>=1 print(“基本质量 1-10:”, b, “bases”)
0赞 Poshi 4/9/2023
不要把属于问题的代码放在评论中,它不能被遵循/理解。编辑您的问题并添加相关详细信息。添加您尝试获得预期结果的内容,并确定我们与您的代码存在特定问题,以便我们为您提供帮助。

答: 暂无答案