提问人：sophie 提问时间：11/15/2023 最后编辑：mervsophie 更新时间：11/17/2023 访问量：29
使用 STAR 后缺少 Aligned.sortedbyCoord.out.bam 文件
Missing Aligned.sortedbyCoord.out.bam file after using STAR
问：
我是RNA测序的新手，我的比对有问题。我正在使用 STAR，但我似乎缺少我认为下一步需要的输出文件之一。我找不到我的文件。Aligned.sortedbyCoord.out.bam
这是我正在使用的命令：
STAR --runThreadN 6 --genomeDir %s --readFilesIn %s %s --readFilesCommand gunzip -c --outFileNamePrefix %s --outSAMtype BAM SortedByCoordinate BAM_SortedByCoordinate–outStd BAM_SortedByCoordinate –quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts
答：
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Chloe Ulsh
11/15/2023
#1
我以前在STAR上遇到过类似的问题。如果删除 --outStd 标志，则 sortedbycoordinate 和转录组文件将分开。否则，至少在我的情况下，您最终只会得到转录组文件。 祝你好运！
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ATpoint
11/15/2023
#2
如STAR手册所示，发送默认为屏幕的输出，因此丢失。您需要删除此标志，或捕获到文件，例如：--outStdstdoutstdout
STAR (...) > out.bam
与此无关，因为您是新手，因此最好不使用任何 STAR 排序选项，而只输出未排序的 BAM 文件，因为这会占用大量内存。如果需要排序文件，您以后总是可以使用更有效的文件，但通常情况并非如此。samtools sort
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