Samtools mpileup：从输入文件读取时出错-解网

问：

我正在编写一个代码来使用 R 分析酵母测序数据。我能够使用 BWA 进行对齐，从而使用 samtools 获得 .bam 文件及其 .bai 索引。我的下一步是使用 bcftools 执行变体调用。这是我的命令行和相关错误：

vcf_file <- "pathway/to/stock/variants.vcf"
system(paste("samtools mpileup -f", paste(fasta_dir, "chr*.fa", sep = ""), merged_bam_file,
              "| bcftools call --ploidy 1 -mv >", vcf_file))

[mpileup] 17 个输入文件中的 17 个样本 samtools mpileup：错误读取从输入文件读取失败无法从标准输入读取：未知文件类型

paste（fasta_dir， “chr*.fa”， sep = “”）提供了指向包含参考基因组的 17 个 fasta 文件（每条染色体一个）的目录的路径，分别命名为 chrI.fa、chrII.fa、...
merged_bam_file是我获取的对齐文件的路径，我想用它来执行变体调用

我知道问题出在我的文件类型上，但由于对齐文件是 BAM 并且我的参考基因组是 FASTA，我完全不知道要更改什么才能使其正常工作。有什么建议吗？

感谢您的帮助:)

r vcf-variant-call-format 排序 samtools

您100%确定FASTA文件的格式是否正确？我个人讨厌尝试从 R 中执行系统命令，我宁愿在命令行上执行，以确保我没有搞砸某些东西，但您也可以检查命令的输出是否为您提供了您想要的东西。假设这不是一件微不足道的事情，我建议访问 biostars.org，它本身确实专门研究生物信息学帮助。paste

0赞 Juliette G. 7/17/2023

非常感谢您的回答，我将尝试在您建议的网站上发布我的问题/查找主题。关于我的 FASTA 文件，我打开了它们并检查了格式，它们对我来说看起来不错。我已经检查了糊状物的输出和路径是否正确。

1赞 Juliette G. 7/20/2023

我能够找到问题的原因！samtools mpileup 的结果不能被 bcftools 调用使用，相反，我使用了 bcftools mpileup，效果很好。我把这个留在这里，以防其他人感兴趣。

答： 暂无答案

上一个：将“DeseqStats”对象转换为 pandas 数据帧？

下一个：在 R 中使用开始和结束时间按时间间隔对数据进行排序

Samtools mpileup：从输入文件读取时出错

Samtools mpileup : error reading from input file

评论