如何使用 Bedtools 提取 DNA 序列位置和长度

how to use bedtools extracts dna sequence position and length

提问人:iGrace 提问时间:10/27/2023 最后编辑:iGrace 更新时间:10/27/2023 访问量:18

问:

现在我用床具和床锉提取DNA序列, 我运行的代码:

    bedtools getfasta -fi $ref -bed wt_1.bed


    # wt_1.bed" is chr1 4526760 4526761 

它应该代表 2 个碱基,而不是 1,不是吗?但我终于得到了 1 个基地。如果是1,则为4526760或4526761基对应?它与床格式有关,大约基于0或getfasta?谢谢!

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# 0-6,but just gave five bases
>chr1:117223140-117223856
GTGGG

我在互联网上四处搜索,希望能弄清楚

序列 床工具

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