如何在ggtree制作的树图中的节点和提示旁边附加数字？这些数字是从外部 tsv 文件导入的

问：

这是一个生物信息学问题。

对于那些熟悉 ggtree 的人，我该如何在 ggtree 中注释每个节点和提示的数字信息？

例如，假设我有一个系统发育树，对于每个节点和尖端，我都有一个基因计数。如何在节点和提示旁边注释此相关信息？我有csv文件（数据帧），其中的行具有以下信息：

对于我的树，我希望数字 12 显示在节点 A 上，14 显示在节点 B 旁边。

这给了我一棵树没有问题：

library(tidyverse)
library(ggtree)

# the path to the tree files is

tree <- read.tree("tree.txt")
ggtree(tree,branch.length = 'none') + theme_tree2()+geom_tiplab(align=TRUE, linesize=.5)+ xlim(0,25)
ggsave("test_2.pdf", width = 60, height = 80, units = "cm", limitsize = FALSE)

但是我的基因树可以使用一些带有数字的注释，特别是我希望能够添加与每个节点和提示相关的数字。

我环顾四周，本教程几乎接近于描述我想做什么，但我无法将代码设置得恰到好处。

这是我最接近的，但不断收到错误。Error in UseMethod("left_join") : no applicable method for 'left_join' applied to an object of class "NULL"

library(tidyverse)
library(ggtree)

dd <- read.table(file = 'raw_data/counts.csv',sep='\t',header=TRUE) # this is the data frame where one column is the name of tips and rows and the second column named 'Increase' is the count per tip and node

# row.names(dd) <- NULL

tree <- read.tree("raw_data/tree.txt") # this is the tree

tree <- tree %<+% dd + geom_tiplab() + geom_tippoint(aes(size=Increase), alpha=0.25) # this is what I was hoping would add the data frame data to the tree

如果您想尝试，请在此处查看文件。