提问人：irahorecka 提问时间：11/21/2021 最后编辑：irahorecka 更新时间：11/22/2021 访问量：206
在 R 中流式传输 CSV 内容
Stream in CSV content in R
问：
我了解如何读取存储在磁盘上的 CSV 文件，但我不知道如何使用 R 通过 CLI 流式传输 CSV 内容。
例如，使用简单的 CLI 从磁盘读取 CSV 文件。
library(optparse)
option_list <- list(
# Absolute filepath to CSV file.
make_option(c("-c","--csv"),type="character",default=NULL,
help="CSV filepath",metavar="character")
);
opt_parser <- OptionParser(option_list=option_list)
opt <- parse_args(opt_parser)
csv_filepath <- opt$csv
csv <- read.csv(csv_filepath)
如果我正在处理数据流，我该怎么做？
答：
1赞
user2332849
11/22/2021
#1
R 始终从连接中读取数据。连接可以是文件、url、内存中文本等。
因此，如果要从内存中已有的内容中读取 csv 格式的数据，只需使用 text= 参数，而不是文件名。
喜欢这个：
my_stream = "name;age\nJulie;25\nJohn;26"
read.csv(text = my_stream, sep = ";", header = T)
输出将为：
name age
1 Julie 25
2 John 26
当然，您可以正常放置其他参数。read.csv()
1赞
Rui Barradas
11/22/2021
#2
R 源代码和包。optparse
首先，编写一个 R 源文件，如下所示。"example.R"
#!/usr/bin/env Rscript
#
# R source: example.R
# options: -c --csv
#
library(optparse)
option_list <- list(
# Absolute filepath to CSV file.
make_option(c("-c","--csv"),type="character",default=NULL,
help="CSV filepath",metavar="character")
)
opt_parser <- OptionParser(option_list=option_list)
opt <- parse_args(opt_parser)
csv_filepath <- opt$csv
csv <- read.csv(csv_filepath)
message(paste("\nfile read:", csv_filepath, "\n"))
str(csv)
然后，更改执行权限，以便 bash shell 识别 shebang 并运行将文件传递给它。
在这种情况下，我将仅更改用户权限，而不是其组。#!Rscript
bash$ chmod u+x example.R
测试。
我已经用这个data.frame测试了上面的脚本：
df1 <- data.frame(id=1:5, name=letters[1:5])
write.csv(df1, "test.csv", row.names=FALSE)
并且，在 Ubuntu 20.04 LTS 中，运行命令将 CSV 文件名传递给它 参数 。该命令及其输出是./example.Rcsv
bash$ ./example.R --csv=test.csv
file read: test.csv
'data.frame': 5 obs. of 2 variables:
$ id : int 1 2 3 4 5
$ name: chr "a" "b" "c" "d" ...
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