阻止geom_density_ridges显示不存在的尾部值-解网

问：

当我使用时，该图通常最终会显示数据中不存在的值的长尾。geom_density_ridges()

下面是一个示例：

library(tidyverse)
library(ggridges)

data("lincoln_weather")

# Remove all negative values for "Minimum Temperature"
d <- lincoln_weather[lincoln_weather$`Min Temperature [F]`>=0,]

ggplot(d, aes(`Min Temperature [F]`, Month)) +
  geom_density_ridges(rel_min_height=.01)

如您所见，1 月、2 月和 12 月都显示负温度，但数据中根本没有负值。

当然，我可以向 x 轴添加限制，但这并不能解决问题，因为它只是截断了现有的错误密度。

ggplot(d, aes(`Min Temperature [F]`, Month)) +
  geom_density_ridges(rel_min_height=.01) +
  xlim(0,80)

现在，该图使 1 月和 2 月的值看起来为零（没有）。这也使 12 月看起来经常发生 0 度，而实际上只有 1 天。

我该如何解决这个问题？

r ggplot2 ggridges 山脊线图

也许你不想要密度估计？你到底在期待什么？大多数密度估计器都假定您的数据在所有实数上都是连续的。他们不期望有界的范围。为此，您需要某种不同的估算器。因为现在没有什么可以“修复”的，所以统计方法正在按照设计的方式工作。

0赞 John J. 4/19/2018

哦，这是有道理的。我想直方图对于有界范围更有意义。之所以出现这个问题，是因为我处理的数据不能有负数，但确实有许多零和接近零的数字。我想密度图不是可视化的正确工具。

2赞 Claus Wilke 4/25/2018

@MrFlick 实际上，在数据范围的末端削减密度估计并不罕见。小提琴情节通常这样做。也可以这样做，请参阅此处。stat_density()

答：

9赞 John J. 4/19/2018 #1

好吧，事实证明我应该更仔细地阅读文档。关键部分是：

“ggridges 套件提供两个主要几何形状，geom_ridgeline和 geom_density_ridges。前者直接采用高度值进行绘制山脊线，后者首先估计数据密度，然后用山脊线画那些。

有多种方法可以处理此问题。这是其中之一：

ggplot(d, aes(`Min Temperature [F]`, Month, height=..density..)) +
  geom_density_ridges(stat = "binline", binwidth=1,
                      draw_baseline = F)

14赞 Claus Wilke 4/25/2018 #2

一种选择是使用代替 .有些事情是做不到的，比如画垂直线或叠加点，但另一方面，它可以做一些不行的事情，比如将分布修剪到数据范围。stat_density()stat_density_ridges()stat_density()stat_density_ridges()

# Remove all negative values for "Minimum Temperature"
d <- lincoln_weather[lincoln_weather$`Min Temperature [F]`>=0,]

ggplot(d, aes(`Min Temperature [F]`, Month, group = Month, height = ..density..)) +
  geom_density_ridges(stat = "density", trim = TRUE)

作为替代方案，您可以绘制一个点地毯，也许这也符合您的目的或更好：

ggplot(d, aes(`Min Temperature [F]`, Month)) +
  geom_density_ridges(rel_min_height = 0.01, jittered_points = TRUE,
                      position = position_points_jitter(width = 0.5, height = 0),
                      point_shape = "|", point_size = 2,
                      alpha = 0.7)

注意：这两种方法目前不能结合使用，这需要对统计代码进行一些修改。

阻止geom_density_ridges显示不存在的尾部值

Stop geom_density_ridges from showing non-existent tail values

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