遍历嵌套列表 [R] 的某些元素-解网

问：

我有一个很大的嵌套列表。它的结构类似于提供的虚拟数据。我想循环浏览此列表，并仅将某个函数应用于名为“seq”的元素（向量），而忽略其他类别。感兴趣的元素应受制于另一个函数 - 下面伪代码中的“function_of_interest”，输出应附加到新列表中。由于我的数据量很大，我想并行进行。

这是虚拟输入：

x <- list(one = list(one_1 = list(seq = 1:9, start = 1, end = 5), 
    one_2 = list(seq = 2:11, start = 2, end = 6), one_3 = list(
        seq = 3:12, start = 3, end = 7)), two = list(two_1 = list(
    seq = 1:13, start = 8, end = 222), two_2 = list(seq = 1:14, 
    start = 13, end = 54)))

这是我失败的一次尝试：

#loop 嵌套列表

  for (gene in seq_along(genes_list)){
    for (segment in seq_along(genes_list[[gene]])){
      output_list <- c(output_list, foreach::foreach(segment) %dopar% function_of_interest(genes_list[[gene]][[segment]]))
    }
  }

很乐意提供帮助/指导。

r for-loop 嵌套循环嵌套列表

这个解决方案如何调用并行的每个元素，并应用于称为的第二级嵌套列表的每个元素。注意：这要求每个列表实际上都有一个名为的元素。您需要添加其他代码来测试每个列表是否都是这种情况，如果其中一些列表可能没有名为的元素。lapply()xfunction_of_interest()seqseqseq

我定义了一个来测试你的代码。function_of_interest()

function_of_interest <- function(vec) sum(vec)

output_list <- foreach(i = seq_along(x)) %dopar% {
  lapply(x[[i]], function(x_ij) function_of_interest(x_ij[['seq']]))
}

输出：

[[1]]
[[1]]$one_1
[1] 45

[[1]]$one_2
[1] 65

[[1]]$one_3
[1] 75


[[2]]
[[2]]$two_1
[1] 91

[[2]]$two_2
[1] 105

附录：过滤每个子列表

如果要根据特定条件筛选每个子列表，则可以在每次并行迭代中应用之前添加调用。在此示例中，我们将仅应用于包含名为的元素中的值的子列表。Filter()function_of_interest()function_of_interest()1seq

output_list <- foreach(i = seq_along(x)) %dopar% {
  x_i_filtered <- Filter(function(x_i) 1 %in% x_i[['seq']], x[[i]])
  lapply(x_i_filtered, function(x_ij) function_of_interest(x_ij[['seq']]))
}

输出：

[[1]]
[[1]]$one_1
[1] 45


[[2]]
[[2]]$two_1
[1] 91

[[2]]$two_2
[1] 105

我很欣赏你的回答。但是，如果您不介意，我想跟进此线程以避免类似的问题成倍增加。因此，例如，如果我想更改function_of_interest，它将仅过滤那些包含 1 的子列表，而其余的将被省略（one_2 和 one_3，因为它们在变量“seq”中没有 1。我尝试使用 Filter（）无济于事。我应该为此发布另一个问题吗？

1赞 qdread 7/14/2022

我在答案中添加了更多文本以解决其他问题。将来，您可以随时继续在初始问题中提出问题的两个部分。

上一个：如何在嵌套列表中的新行上打印列表的每个元素

下一个：在 Python 中遍历字典列表并返回值

遍历嵌套列表 [R] 的某些元素

Iterating through certain elements of nested list [R]

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附录：过滤每个子列表

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